Начальник ОМЭР АН СССР И. Д. Папанин договорился с Министерством рыбного хозяйства СССР о передаче ученым трех среднетоннажных рыболовных траулеров для переоборудования в НИС. В 1954 г. заместитель начальника ОМЭР Е. М. Сузюмов и главный морской инспектор С. И. Ушаков подобрали для переоборудования траулер постройки 1949 г. Его срочно перевели в Севастополь, где на судоремонтном заводе в короткий срок переоборудовали в экспедиционное судно водоизмещением 455 т. Уже осенью 1954 г. НИС вышло в свой первый пробный рейс в Черное море. По предложению профессора В. А. Водяницкого ему присвоили имя «Академик А. Ковалевский» в память выдающегося русского биолога Александра Онуфриевича Ковалевского (1840–1901).
В течение двух последующих лет еще два таких же рыболовных траулера были переоборудованы в НИС и получили новые названия «Академик С. И. Вавилов» и «H. H. Миклухо-Маклай». Академик Сергей Иванович Вавилов (1891–1951) – выдающийся советский физик-оптик, президент АН СССР в 1945–1951 гг. Он сыграл важную роль в содействии организации океанологических исследований в послевоенный период. И вполне обоснованно его имя было присвоено новому НИС Института океанологии АН СССР.
Так же вполне объяснимо появление на борту второго НИС Института биологии южных морей имени Николая Николаевича Миклухо-Маклая (1848–1888) – выдающегося русского путешественника, этнографа и антрополога, навсегда оставившего о себе память как об ученом-гуманисте и ниспровергателе расистских теорий о «высших» и «низших» расах.
Профессор В. А. Водяницкий прозорливо выступал за расширение гидробиологических исследований в нашей стране, глубоко осознав их исключительно важную роль в фундаментальном и сугубо прикладном планах, особенно с учетом отставания советской биологической науки, вызванного негативными последствиями лысенковского поветрия.
В известном совместном программном письме академика Л. А. Зенкевича и профессора В. А. Водяницкого в адрес Бюро отделения биологических наук АН СССР говорилось, в частности, о том, что вопросы качественного состава и количественного развития жизни в водоемах, биологических циклов водных организмов, их соотношения со средой, структуры водных сообществ, колебания продуктивности имеют не только существенное значение для рыбной промышленности, морского флота, здравоохранения, климатологии и других отраслей народного хозяйства, но представляют огромный общебиологический интерес, касаясь закономерностей распределения и развития жизни в водоемах в зависимости от исторических и современных условий и хозяйственной Деятельности человека.