В письме ученые изложили конкретную программу развития гидробиологических исследований, предлагая в АН СССР особый упор сделать на изучение закономерностей биологической продуктивности водоемов в самом широком значении этого термина.
Ратуя о развитии гидробиологических исследований, профессор настойчиво доказывал необходимость расширения районов работ в южных морях. Он объяснял, что необходимы сравнительные исследования в цепи южноевропейских средиземноморских морей. Ему было ясно, что работы на Черном море должны обязательно проходить параллельно с соответствующими исследованиями в соседних морях, тем более что многие важные промысловые рыбы совершали регулярные миграции между Черным и Средиземным морями. Он видел, что именно в отношении биологической продуктивности бассейн Средиземного моря изучен очень слабо. Широкая и регулярная работа на больших пространствах моря с полным комплексом необходимых гидрологических, гидрохимических и ихтиологических наблюдений здесь к концу 50-х. гг. почти не проводилась, несмотря на обилие научных учреждений.
Важное место в работах на Черном море заняли наблюдения суточных и многосуточных станций. Они позволили получить непосредственное представление о ряде гидрологических и биологических процессов, протекающих в водоеме, в частности определить суточную продуктивность фитопланктона. К сожалению, для сравнения результатов можно было воспользоваться весьма немногочисленными работами иностранных ученых на Средиземном море, носящими по преимуществу частный или местный характер.
И настойчивость ученого победила. Уже в 1958 г. состоялась средиземноморская экспедиция на НИС «Академик А. Ковалевский», во время которой в 4 лабораториях судна напряженно работали 15 научных сотрудников. Это был переломный момент в работе Севастопольской биологической станции. До этого за 87 лет существования лишь пятеро ее сотрудников вели работы на Средиземном море, причем в те времена, когда проблема продуктивности морей еще не стояла на повестке дня. Собственно, экспедиция на НИС «Академик А. Ковалевский» может считаться первой отечественной гидробиологической экспедицией в Средиземном море.
Ученые работали в Эгейском, Ионическом и Адриатическом морях. Были выполнены важные исследования по гидрологии, гидрохимии, изучению планктона, бентоса (обитатели морского дна), ихтиологии и паразитологии. Удалось провести комплексные работы на нескольких круглосуточных станциях с постановкой судна на якорь на больших глубинах.
В следующем, 1959 г. в Средиземном море гидробиологи работали уже на двух НИС – «Академик А. Ковалевский» и «Академик С. И. Вавилов». Под руководством профессора В. А. Водяницкого ученые биостанции, а затем Института биологии южных морей в последующие годы провели серьезные исследования в Мраморном, Эгейском, Ионическом, Адриатическом, Тирренском, Лигурийском, Красном морях. А затем севастопольские гидробиологи опустили за борт планктонные сети и глубоководные тралы в Индийском и Атлантическом океанах, в Карибском море. По масштабу и глубине проводимых работ институт действительно стал ведущим центром страны по изучению биологии южных морей.