Трудности самоанализа состояли в том, что он затрагивал чувства Фрейда, связанные с его отношением к отцу. Собственно говоря, систематический самоанализ начался у него после смерти отца в октябре 1896 года. Как подчеркивал Фрейд в предисловии ко второму изданию «Толкования сновидений», эта книга явилась реакцией на смерть отца, на крупнейшее событие и тягчайшую утрату в его жизни. Смерть отца вызвала в нем острые переживания и в то же время освободила его от авторитета, внутренней цензуры, в результате чего у него появились сны и воспоминания детства, связанные с умершим отцом.
Самоанализ позволил заглянуть в такие глубины психики, которые до смерти отца оставались камнем преткновения для самого Фрейда. Казалось бы, со смертью отца утратили силу былые запреты и, следовательно, самоанализ Фрейда должен проходить легче и свободнее, чем это было раньше, в период его переписки с невестой. И тем не менее, он порой сетовал на то, что его «незначительная истерия» с большим трудом поддается анализу.
Дело в том, что, придерживаясь своей теории совращения ребенка со стороны взрослых, в процессе своего самоанализа Фрейду пришлось проверить эту теорию на себе. И по-человечески ему не хотелось рассматривать через призму этой теории собственную «незначительную истерию», а также нечто такое, что проистекало, по выражению основателя психоанализа, из потаенных глубин его собственного невроза, страстное стремление к истине толкнуло его в пучину детских воспоминаний и толкования собственных сновидений. Тогда-то Фрейд допустил крамольную мысль, что его родной отец не составляет исключения и, подобно другим отцам, мог выступать, по крайней мере, по отношению к дочерям в роли «извращенного совратителя». Приснившийся ему сон об его американской племяннице Гелле также вызвал глубокие переживания. Интерпретация этого сновидения с точки зрения подавленных бессознательных сексуальных влечений к его старшей дочери сопровождалась, с одной стороны, чувством удовлетворения, так как на собственном опыте подтверждалась теория совращения, а с другой – внутренним неприятием собственных инцестуозных желаний. Отсюда становится понятным, почему анализ «незначительной истерии» наталкивался у Ф-рейда на сильное сопротивление и проходил с большими затруднениями.
Выдвинутая Фрейдом теория совращения ребенка воспринималась им как триумф, достигнутый в процессе кропотливой работы с пациентами и трудоемкого самоанализа. Однако концептуальная почва зашаталась под ним, и он оказался низвергнутым в бездну сомнений и разочарований. То ли он осознал, что пациенты, сами не желая того, обманывают аналитика, то ли собственный анализ вывернул наизнанку его «правильное восприятие ценностей жизни», поставив перед ним дилемму служения истине или следования нравственности, но так или иначе он неожиданно для себя осознал ложность своей собственной теории. Здание первых психоаналитических построек безнадежно рухнуло, и Фрейд оказался в интеллектуальном тупике. В очередном письме Флиссу (1897) он удрученно поделился с ним «великим секретом», который относился к его теории неврозов и который привел его в отчаянное состояние: он сообщил, что больше не верит в свою невротику.