6 августа Сталин запросил унизительного мира на любых условиях. Второй Брестский договор был подписан в том же городе, где правительство Ленина и Троцкого капитулировало перед немецкой армией во время Первой мировой войны. Так же как и в случае первого договора о мире, подписанного в Брест-Литовске в 1918 году, односторонние и продиктованные Германией условия этого мирного договора были очень тяжелыми, они подрывали и военный, и экономический потенциал СССР. Одним росчерком пера СССР лишался советских республик Латвии, Литвы и Эстонии, а также Украины и Белоруссии. Все они стали областями, которые находились в административном подчинении рейха и подлежали безжалостной эксплуатации в качестве источников дешевой рабочей силы, пищевых продуктов и сырья. Антисоветские восстания по всему Кавказу и Центральной Азии свидетельствовали о том, что в ближайшем будущем республики этих районов вряд ли останутся под властью Сталина. Таким образом, границы Советского Союза были отодвинуты к пределам Московского государства времен Ивана Грозного.
Договор также сопровождался рядом протоколов, подтверждавших главенствующую роль Германии. Дипломатический протокол требовал немедленного возобновления действия Пакта о ненападении между обеими сторонами, а также открытия или возобновления действия всех немецких посольств или консульств во всех крупных городах Советского Союза. Экономический протокол предписывал немедленное возобновление поставок в Германию нефти, газа, руды, металлов и зерна. Согласно Техническому протоколу Москве придется направить в Третий рейх образцы всех новейших танков, бронеавтомобилей, артиллерии, а также самолетов Красного Воздушного Флота вместе с технической документацией и специалистами для проведения обсуждения. Протокол о заводах, который гарантировал открытый доступ на все предприятия по требованию специальных комиссий из числа немецких гражданских и военных инспекторов, имел целью лишить советское государство любой возможности тайно проводить разработку новой техники. Протокол об открытом небе обеспечивал беспрепятственный допуск самолетов люфтваффе в воздушное пространство над Советским Союзом, а такой же Протокол о свободном мореплавании разрешал плавание кораблей военно-морского флота Германии в советских территориальных водах.
Москва просила включить в Договор статью о репатриации, но Гитлер не пожелал делать какие-либо уступки Сталину. Кроме) того, его очень занимал вопрос о том, как использовать миллионы советских военнопленных, которые сдались вермахту.