В это время способности Александра, которому уже минуло 18 лет, стали обнаруживаться. В письме его брата мы находим такую заметку: «Вообще люди не знают его, думая, что я превосхожу его талантом и знаниями. Таланта у него гораздо больше, а знаний столько же, только в других областях».
Александр оставался во Франкфуртском университете только год; затем около года провел в Берлине, изучая технологию, греческий язык и ботанику – последнюю под руководством Вильденова; своего приятеля, впоследствии знаменитого ботаника.
Весною 1789 года Вильгельм, также оставил Франкфурт, и братья отправились в Геттингенский университет – один из славнейших в то время. Там читал анатомию Блюменбах, разделявший с Кювье славу основателя сравнительной анатомии, математические науки – Кестнер и Лихтенберг, известные своим остроумием и учеными трудами, историю – Эйхгорн и так далее.
Занятия Александра имели энциклопедический характер. Классическая литература, история, естествознание, математика интересовали его в одинаковой степени. Знаменитый филолог Гейне, ожививший в Германии любовь к классической древности, возбудил в нем охоту к археологии. Под влиянием Гейне Гумбольдт написал свое первое – не напечатанное – сочинение: «О тканях греков».
В Геттингенском университете он познакомился с Георгом Форстером. Этот замечательный человек имел большое влияние на Гумбольдта. Не будучи звездою первой величины в ученом мире, он отличался широтою взглядов, огромными, всесторонними знаниями и пылким воображением. Он сопровождал Кука в его втором кругосветном плавании в качестве натуралиста, и рассказы его о тропических странах оказали большое влияние на Гумбольдта, в котором уже тогда проснулась страсть к путешествиям. Он был гуманистом и сторонником великой революции, человеком свободным от национальных предрассудков и называл себя «гражданином мира». Эти взгляды тоже, конечно, имели значение в становлении молодого Гумбольдта, который никогда не мог назваться рьяным патриотом и всегда оставался верен либеральным идеям 1789 года. Наконец, Форстер стремился к популяризации науки и в этом отношении может быть назван предшественником и, вероятно, учителем Гумбольдта.
В Геттингенском университете Гумбольдт оставался до 1790 года. Здесь начались его самостоятельные занятия естествознанием. Осенью 1789 года, в то время как Вильгельм со своим бывшим воспитателем Кампе отправились в Париж, Александр предпринял экскурсию на Рейн, результатом которой явилось исследование о рейнских базальтах. Вопрос о происхождении базальтов был в то время модным в геологии. Два враждебных учения – плутонистов и нептунистов – искали в нем подтверждения своих взглядов. Гумбольдт в своем исследовании, впрочем, имеющем фактический, описательный характер, склоняется на сторону нептунистов, то есть признает водное происхождение базальтов.