Как горячо принимал к сердцу Соловьев университетские дела, видно из следующего рассказа профессора Буслаева: “Первым делом в организации университетского самоуправления (по введении университетского устава 1863 года) было – решить, кого избрать председателем совета. Вопрос этот на первых же порах сделался яблоком раздора в профессорской корпорации. Одни хотели иметь ректором Соловьева, другие – Баршева, и таким образом желанное единогласие для общей пользы было нарушено и распалось на две враждебные партии, на соловьевскую и баршевскую. Первая была гораздо малочисленнее последней, поэтому ректором был избран Баршев и оставался в этой должности несколько трехлетий сряду. Ожесточенная вражда, не умолкавшая в стенах университета, наконец опротивела мне донельзя. Она вредила и общему делу, и была гибельна для отдельных лиц. Однажды в заседании совета Соловьев, в качестве декана, горячо защищал какое-то предложение или заявление филологического факультета от злостных нападок со стороны враждебной партии и до того был оскорблен и раздражен нахальством и дерзостью своих противников, что совсем изнемог, а воротившись домой, в тот же день слег в постель и целые шесть недель прохворал в нервной горячке” (“Вестник Европы”, 1892, март).
В семидесятых годах, когда изменилась профессорская корпорация, Соловьева несколько раз выбирали в ректоры.
“Когда университет, – говорит ученик и сослуживец Соловьева профессор Герье, – признавая его значение, избрал его в ректоры, для этого учреждения наступила новая счастливая пора внутреннего развития, оправдавшая начала, положенные в основание университетского устава 1863 года. Ректорство С. М. Соловьева было знаменем служения одним только научным интересам и широкого понимания задач университетской жизни. Слова, написанные им некогда об исповедниках просвещения в XVII веке, что им “нужно было много труда, много жертв и страдания”, сделались как бы пророческими для него самого. Ему опять пришлось бороться против недоверия к науке, “происходившего от неуменья сладить с прогрессом, от стремления остановить его, возвратиться к первоначальным формам”. Но теперь речь шла не о литературных направлениях, не об исторических взглядах, оно касалось жизненных форм русской науки, университетского строя… Ученый, который своей многолетней, всеми признанной деятельностью доказал, как он умел согласовать самую искреннюю, разумную преданность государственному началу с бескорыстным стремлением к науке и просвещению, мог, конечно, вернее и беспристрастнее многих других судить об истинных потребностях русской науки. Но ему не суждено было дать перевес тому, что он считал правым делом; весною 1877 года Соловьев был принужден оставить ректорство и прославленную им кафедру. Через два года смерть навсегда прекратила его просвещенную деятельность”.