Но главные и непосредственные заботы реформатора были устремлены на Францию. В числе его приверженцев и корреспондентов были такие лица, как король и королева Наваррские, принц Конде, адмирал Колиньи и другие. Мы уже видели, какое влияние он имел на герцогиню Феррарскую, с которой не переставал переписываться до конца своей жизни и которая, поселившись после смерти мужа во Франции, оставалась верна его учению, несмотря на все преследования своих родственников. Благодаря этой поддержке высших классов успехи реформации, несмотря на массовые истребления еретиков, нисколько не ослабевали. В 1559 году в Париже тайно собрались представители одиннадцати протестантских церквей Франции, образуя первый национальный синод, на котором был принят выработанный Кальвином проект синодального устройства церкви. Благодаря полученной организации число протестантских общин разрасталось с поразительной быстротой, и в 1561 году Колиньи насчитывал их уже более двух тысяч. Можно было ожидать, что скоро вся Франция примкнет к новому учению.
Умирая, реформатор имел поэтому полное право оглянуться с чувством удовлетворения на свое дело, говоря: “Бог дал свое благословение моей работе”.
Кальвин умирал уже давно. Беспримерная напряженная деятельность подточила его и без того слабое здоровье. В 40 лет реформатор казался уже дряхлым сгорбленным стариком; только глаза его сохраняли свой обычный юношеский блеск, а неутомимость в работе как будто еще усиливалась. В 1559 году, страдая жестокой лихорадкой, он сам наблюдал за возведением укреплений в защиту от грозившего нападения савойского герцога. С тех пор его физическое состояние сильно ухудшилось. К сильнейшей мигрени, которою он страдал еще с детства, присоединилось кровохарканье, одышка, подагра и всевозможные другие болезни, часто приковывавшие его надолго к постели. А в это время он руководил судьбами Европы и, преодолевая силою воли свои страдания, диктовал секретарю целый ряд произведений, не уступающих по ясности и энергии мыслей произведениям предыдущей поры. Но с середины 1563 года близость роковой развязки стала очевидной. Несмотря на советы врачей, Кальвин не переставал читать лекции и проповедовать, что было для него безусловно вредно. Наконец 6 февраля 1564 года, во время проповеди, сильный приступ кашля заставил его остановиться – рот его наполнился кровью, и его унесли домой. С тех пор он больше не появлялся на кафедре.
Страдания больного были ужасны. Иногда он по несколько дней подряд не принимал пищи и только с трудом проглатывал немного воды. 10 марта совет приказал во всех церквах молиться “за здоровье господина Кальвина, находящегося в смертельной опасности”. Эта продолжительная агония тянулась почти четыре месяца. Кальвин сносил свои страдания без жалоб и даже в минуты сравнительного облегчения продолжал работать, отвечая на все увещания друзей, моливших его беречь себя для блага церкви: “Разве вы хотите, чтобы Бог, когда пошлет за мной, не застал меня за работой?”