В Пасху (2 апреля) больной велел отнести себя в церковь и принял причастие из рук Беза. В конце того же месяца он выразил желание проститься с членами совета и проповедниками, и те, узнав об этом, в полном составе по очереди явились к нему на квартиру. И тех, и других реформатор увещевал не терять мужества, несмотря ни на какие испытания, строго исполнять свои обязанности и защищать всеми силами чистоту учения. В то же время он просил у всех прощения за свои ошибки, говоря, что болезнь иногда делала его раздражительным, гневным, несправедливым.
Вся Женева с глубоким участием следила за ходом болезни своего пастыря. Семидесятишестилетний Фарель, не послушавшись Кальвина, приехал из Невшателя, чтобы увидеть его в последний раз. Беза также не отходил от его постели и с глубоким чувством описал потом его последние минуты. Смерть медленно парализовала один орган за другим. В последние дни Кальвин лишь с трудом мог бормотать слова молитвы, и только взгляд, по-прежнему живой, блестящий, говорил о том, что сознание до конца не покидало это разрушавшееся тело. Наконец 27 мая 1564 года, в 8 часов вечера, его не стало. “В этот день, – говорит Беза, – вместе с закатившимся солнцем погасло и самое блестящее светило церкви”.
Смерть Кальвина доказала неосновательность одной из многочисленных клевет, распространявшихся про него врагами. Еще 26 апреля он составил завещание, в котором отказал своим племянникам, детям своего любимого брата Антуана, свое скромное имущество, состоявшее из книг и предметов домашнего обихода и оцененное им приблизительно в 220 талеров. Несмотря на значительное содержание, назначенное ему советом, и на частые подарки его, Кальвин только с трудом сводил концы с концами. Личные его потребности были более чем скромные, но за его столом было всегда много приезжих, а кошелек всегда был открыт для нуждающихся эмигрантов. Во время своей последней болезни Кальвин даже отказался принять жалованье за последнюю треть, так как, не будучи в состоянии исполнять своих обязанностей проповедника, не считал его заслуженным. Тем не менее враги продолжали при жизни обвинять его в корыстолюбии и роскошной жизни. Однажды один знатный иностранец, проездом, постучался в двери его скромного домика. Это был Садолет. Он ожидал, по слухам, увидеть своего противника, окруженного роскошью, с толпою придворных, и был поражен, когда отворивший ему двери хилый сгорбленный человек в сильно поношенном сюртуке оказался самим “женевским папою”.
На другой день после смерти громадная толпа народа сопровождала его останки на кладбище. По желанию реформатора, выраженному в завещании, он был похоронен “обыкновенным образом”, то есть без всяких церемоний, без памятника, даже без надписи на могиле. Скоро местонахождение его могилы было забыто, и только в последнее время небольшой черный камень отмечает место, где, по некоторым предположениям, покоится прах великого женевского реформатора.