Суворов между тем прибыл на Узени и узнал от пустынников, что Пугачев был связан его сообщниками и что они повезли его к Яицкому городку. Суворов поспешил туда же. Ночью сбился он с дороги и нашел на огни, раскладенные в степи ворующими киргизами. Суворов на них напал и прогнал, потеряв несколько человек и между ими своего адъютанта Максимовича. Через несколько дней прибыл он в Яицкий городок. Симонов сдал ему Пугачева. Суворов с любопытством расспрашивал славного мятежника о его военных действиях и намерениях и повез его в Симбирск, куда должен был приехать и граф Панин.
Пугачев сидел в деревянной клетке на двухколесной телеге. Сильный отряд при двух пушках окружал его. Суворов от него не отлучался. В деревне Мостах (во сте сорока верстах от Самары) случился пожар близ избы, где ночевал Пугачев. Его высадили из клетки, привязали к телеге вместе с его сыном, резвым и смелым мальчиком, и во всю ночь Суворов сам их караулил. В Коспорье, против Самары, ночью, в волновую погоду, Суворов переправился через Волгу и пришел в Симбирск в начале октября.
Пугачева привезли прямо на двор к графу Панину, который встретил его на крыльце, окруженный своим штабом. «Кто ты таков?» – спросил он у самозванца. «Емельян Иванов Пугачев», – отвечал тот. «Как же смел ты, вор, назваться государем?» – продолжал Панин. «Я не ворон (возразил Пугачев, играя словами и изъясняясь, по своему обыкновению, иносказательно), я вороненок, а ворон-то еще летает». – Надобно знать, что яицкие бунтовщики в опровержение общей молвы распустили слух, что между ими действительно находился некто Пугачев, но что он с государем Петром III, ими предводительствующим, ничего общего не имеет. Панин, заметя, что дерзость Пугачева поразила народ, столпившийся около двора, ударил самозванца по лицу до крови и вырвал у него клок бороды. Пугачев стал на колени и просил помилования. Он посажен был под крепкий караул, скованный по рукам и по ногам, с железным обручем около поясницы, на цепи, привинченной к стене. Академик Рычков, отец убитого симбирского коменданта, видел его тут и описал свое свидание. Пугачев ел уху на деревянном блюде. Увидя Рычкова, он сказал ему: «Добро пожаловать», – и пригласил его с ним отобедать. «Из чего, – пишет академик, – я познал его подлый дух». Рычков спросил его, как мог он отважиться на такие великие злодеяния? – Пугачев отвечал: «Виноват пред богом и государыней, но буду стараться заслужить все мои вины». И подтверждал слова свои божбою (по подлости своей, опять замечает Рычков). Говоря о своем сыне, Рычков не мог удержаться от слез; Пугачев, глядя на него, сам заплакал.