Наконец Пугачева отправили в Москву, где участь его должна была решиться(11). Его везли в зимней кибитке на переменных обывательских лошадях; гвардии капитан Галахов и капитан Повало-Швейковский, несколько месяцев пред сим бывший в плену у самозванца, сопровождали его. Он был в оковах. Солдаты кормили его из своих рук и говорили детям, которые теснились около его кибитки: «Помните, дети, что вы видели Пугачева». Старые люди еще рассказывают о его смелых ответах на вопросы проезжих господ. Во всю дорогу он был весел и спокоен. В Москве встречен он был многочисленным народом, недавно ожидавшим его с нетерпением и едва усмиренным поимкою грозного злодея. Он был посажен на Монетный двор, где с утра до ночи, в течение двух месяцев, любопытные могли видеть славного мятежника, прикованного к стене и еще страшного в самом бессилии. Рассказывают, что многие женщины падали в обморок от его огненного взора и грозного голоса. Перед судом он оказал неожиданную слабость духа(12). Принуждены были постепенно приготовить его к услышанию смертного приговора. Пугачев и Перфильев приговорены были к четвертованию; Чика – к отсечению головы; Шигаев, Падуров и Торнов – к виселице; осьмнадцать человек – к наказанию кнутом и к ссылке на каторжную работу. – Казнь Пугачева и его сообщников совершилась в Москве 10 января 1775 года. С утра бесчисленное множество народа столпилось на Болоте, где воздвигнут был высокий намост. На нем сидели палачи и пили вино в ожидании жертв. Около намоста стояли три виселицы. Кругом выстроены были пехотные полки. Офицеры были в шубах по причине жестокого мороза. Кровли домов и лавок усеяны были людьми; низкая площадь и ближние улицы заставлены каретами и колясками. Вдруг все заколебалось и зашумело; закричали: «Везут, везут!» Вслед за отрядом кирасир ехали сани с высоким амвоном. На нем с открытою головою сидел Пугачев, насупротив его духовник. Тут же находился чиновник Тайной экспедиции. Пугачев, пока его везли, кланялся на обе стороны. За санями следовала еще конница и шла толпа прочих осужденных. Очевидец (в то время едва вышедший из отрочества, ныне старец, увенчанный славою поэта и государственного мужа) описывает следующим образом кровавое позорище:
«Сани остановились против крыльца лобного места. Пугачев и любимец его Перфильев в препровождении духовника и двух чиновников едва взошли на эшафот, раздалось повелительное слово: на караул, и один из чиновников начал читать манифест. Почти каждое слово до меня доходило.
При произнесении чтецом имени и прозвища главного злодея, также и станицы, где он родился, обер-полицеймейстер спрашивал его громко: «Ты ли донской казак, Емелька Пугачев?» Он столь же громко ответствовал: «Так, государь, я донской казак, Зимовейской станицы, Емелька Пугачев». Потом, во все продолжение чтения манифеста, он, глядя на собор, часто крестился, между тем как сподвижник его Перфильев, немалого роста, сутулый, рябой и свиреповидный, стоял неподвижно, потупя глаза в землю. По прочтении манифеста духовник сказал им несколько слов, благословил их и пошел с эшафота. Читавший манифест последовал за ним. Тогда Пугачев сделал с крестным знамением несколько земных поклонов, обратясь к соборам, потом с уторопленным видом стал прощаться с народом; кланялся во все стороны, говоря прерывающимся голосом: «Прости, народ православный; отпусти мне, в чем я согрубил пред тобою… прости, народ православный!» При сем слове экзекутор дал знак: палачи бросились раздевать его; сорвали белый бараний тулуп; стали раздирать рукава шелкового малинового полукафтанья. Тогда он сплеснул руками, повалился навзничь, и в миг окровавленная голова уже висела в воздухе…»