Спустя день за Куртом Ситой было решено установить постоянное наблюдение. Оперативники ШАБАКа не скрывали, что «вести» его было необычайно легко. Во-первых, из своей страсти к пижонству Сита в 1959 году приобрел безумно дорогой по тем временам «Форд-таунус» красного цвета. Это была единственная машина такой марки на всю Хайфу, да и во всем Израиле число «Таунусов» можно было тогда пересчитать по пальцам. А следовательно, у тех, кто вел наблюдение за Ситой, не было особых трудностей с выяснением, где именно в данный момент находится его машина. Кроме того, Сита жил так, словно ему было совершенно нечего скрывать, не обращал внимания на ведущуюся за ним слежку и явно не владел никакими навыками конспирации. Не раз сотрудники ШАБАКа подбирались в лесу на горе Кармель вплотную к его машине и фотографировали его физические упражнения со студентками. Засняты были ими также его встречи с резидентом чешской разведки в различных кафе и у себя дома.
Но в итоге, по всей видимости, профессор Сита все-таки что-то заподозрил. Во всяком случае, он неожиданно подал ректору Техниона рапорт, в котором сообщал, что в последнее время регулярно встречается с одним чешским дипломатом в связи с тем, что тот предлагает ему вернуться работать на родину. В ШАБАКе этот отчет был расценен как попытка Ситы подготовить себе алиби, и летом 1960 года профессор был арестован по подозрению в шпионаже. Уже на первом допросе он признался, что находился на связи с резидентом чешской разведки в Израиле и рассказал, что они в основном говорили о ядерной программе Израиля.
Арест известного физика вызвал бурные протесты научной общественности как в Израиле, так и за его пределами. Среди тех, кто обратился к премьер-министру Давиду Бен-Гуриону с требованием немедленно освободить Курта Ситу, был и депутат Кнессета первого созыва профессор Ари Жаботинский – сын Зеэва Жаботинского[26]. Эта буря продолжалась и после того, как ШАБАК пошел на весьма необычный, абсолютно нетипичный для него шаг – организовал пресс-конференцию, на которой представил журналистам доказательства того, что Курт Сита занимался шпионажем. Причем, как убедительно доказали следователи ШАБАКа, делал этот отнюдь не только из идеологических соображений: за годы своей шпионской деятельности в Израиле он получил 5 000 долларов наличными, а именно столько стоила в то время просторная квартира в Хайфе. Не решившись опровергать очевидные факты, израильские ученые потребовали от правительства Израиля не доводить дело Курта Ситы до суда, а просто выслать его из страны.