Однако пока был жив дядя, Мовсар оставался совершенно безвестным. Заговорили о нем летом 2002 года, когда Арби Бараев был убит в селении Алхан-Кала Грозненского сельского района. Мовсар провозгласил себя вместо дяди эмиром алхан-калинского джамаата — так называемого «Исламского полка». Самопровозглашенного эмира признали не все. Например, этого не сделали бывшие заместители Арби Бараева Ислам Чалаев и Тимур Автаев, которые тоже мечтали заменить своего убитого шефа. Поэтому некоторое время в джамаате было двоевластие. Лишь после того как федералы ликвидировали Автаева и Чалаева, Мовсар стал единоличным лидером джамаата и начал мстить федералам за смерть родственника. Он организовал несколько нападений на федеральные колонны и целую серию взрывов в Грозном, Урус-Мартане и Гудермесе. В своем последнем интервью, которое было опубликовано на сайте боевиков kavkaz.org, Мовсар Бараев сказал: «Гибель Арби федералами преподносится как большая победа… Они думают, что смерть наших командиров может привести к победе. Командиров, ставших шахидами, заменят новые люди. Борьба будет продолжена». Мовсар Бараев заявил, что «продолжит дело своего родственника до победного конца». И действительно: занимался похищениями, грабежами и нападениями на федералов. Кроме того, Мовсар, так же как и его родственник, из-за своей алчности поссорился с другими полевыми командирами. В июне 2002 года он расстрелял другого полевого командира, также известного похитителя людей из клана братьев Ахмадовых Ризвана, похитив у него 45 тысяч долларов. Чтобы обелить себя, Мовсар обвинил убитого в том, что именно он предал Арби Бараева и навел на него спецназ федеральных сил. Мовсар также конфликтовал с чеченским командиром Усманом Ченчиевым. Причиной послужил самый обычный криминальный передел сфер влияния.
Мовсар Бараев неоднократно совершал теракты в городе Аргун, который Усман Ченчиев считает своей зоной. Это приводило к тому, что федеральное силы начинали проводить в городе спецоперации и «зачистки», в результате которых группировка Усмана Ченчиева несла ощутимые потери. Именно по этим причинам Усман Ченчиев и его соратник полевой командир Асламбек Абдулхаджиев, пользующиеся поддержкой главарей среднего звена, открыто заявили, что намерены убить Мовсара Бараева и его «прихлебателей», из-за которых федералы громят аргунский джамаат. Тем не менее Мовсар удержал свои позиции как среди руководства бандформирований, распределяющих деньги, так и среди подчиненных командиров мелких бандгрупп. Ему удалось наладить щедрое финансирование своей банды — деньги он получал от Хаттаба. Причем Хаттаб был на редкость щедр, передавая новоиспеченному командиру на организацию терактов и зарплату подчиненным весьма крупные суммы. По некоторым данным, ему досталось порядка 600 тысяч долларов. Всем же другим главарям деньги стали выделяться в последнюю очередь или вообще не выделяться. Подобное положение крайне возмутило полевых командиров-чеченцев, которые не хотели прислуживать Хаттабу. В результате часть чеченских командиров совершили убийство соратника М. Бараева эмира аргунского джамаата Асламбека Адиева, который ранее был комендантом Шалинского района Чечни. М. Бараев неоднократно обвинялся российскими спецслужбами в причастности к похищениям людей, многочисленным терактам на территории Чеченской республики. (В распоряжении спецслужб имеется видеокассета с кадрами физических истязаний людей, похищенных Бараевым с подручными. Видеозапись зафиксировала, как под пытками пленники «сознаются» в сотрудничестве с федеральными силами, а сам Бараев казнит русскую женщину, отрезав ей голову.)