В период пребывания в Абхазии ему как командиру чеченского отряда были выданы чистые бланки абхазских паспортов. Заслужил звание Героя Абхазии и привез домой жену-абхазку, племянницу президента республики Владислава Ардзинбы. Отцом жены является прапорщик авиационной части в г. Гудаута (Абхазия) Джения Юрий Кукунович. (По другим источникам, после войны в Абхазии он женился на 17-летней Индире Джения из селения Мгундзрыхва Гудаутского района Абхазии.) Она родила ему сына. (Существование семьи в Абхазии Басаев подтвердил в интервью «Комсомольской правде» 15 июля 1995 года, а «Московский комсомолец» 10 июня 1996 года высказывал мнение, что первая семья Басаева эвакуирована в Абхазию.) В период вооруженного противостояния между руководством Дудаева и оппозицией в 1993 году занял выжидательную позицию, выступал посредником на переговорах. Вместе с тем резко осуждал разгон городского собрания в Грозном. В декабре 1993 года поддерживал требования оппозиционеров об отставке Дудаева. С апреля по июль 1994 года, по собственному утверждению, был в Афганистане, в провинции Хост, где вместе с одной из своих групп проходил подготовку: «Подготовка проходила за мой счет. Я тогда оружие продал, у друзей в долг взял и поехал. До сих пор, кстати, 3,5 тысячи долларов за эту поездку должен» (86). (В одном из интервью Басаев сообщил, что в течение 1992–1994 годов трижды выезжал со своим «абхазским батальоном в лагеря афганских моджахедов, где учился тактике ведения партизанской войны».) Летом 1994 г., с началом гражданской войны в Чечне, Басаев вступил в боевые действия на стороне Джохара Дудаева. Активно сражался с отрядами оппозиции Лабазанова и участвовал в обороне Грозного 26 ноября. Считался одним из наиболее близких соратников чеченского президента. В начале войны командир абхазского полка (1200 человек). Личный состав «абхазского батальона» осуществлял охрану Дудаева. К началу боевых действий против России под командованием Басаева находилось около двух тысяч человек. После разгрома в Ведено батальон насчитывал 200–300 человек. В ноябре 1994 — феврале 1995 года — один из руководителей обороны г. Грозный; в феврале 1995 г. участвовал в переговорах с федеральной стороной. 8 феврале-марте 1995 г. отряды под его руководством вели бои в восточных районах Чечни. Май-июнь 1995 г. — принимал участие в обороне Ведено. 9 мая 1995 г. заявил о том, что делает упор на диверсионно-подрывную деятельность, так как «только такая тактика вынудит российское руководство сесть за стол переговоров».