11 октября Яндарбиев, выступая по чеченскому телевидению, заявил о том, что Чечня не намерена участвовать в выборах в Федеральное Собрание РФ. В мае 1993 года Яндарбиев возглавил делегацию правительства Дудаева на переговорах с оппозицией. В апреле 1993 года поддержал решения президента Джохара Дудаева о роспуске парламента, Конституционного суда Чечни и Грозненского городского собрания. 17 апреля 1993 года указом Джохара Дудаева назначен и.о. вице-президента Чечни, занимался в основном идеологическими вопросами. Возглавлял «Государственную комиссию по расследованию преступлений оппозиции» и комиссию по перезахоронению тела Звиада Гамсахурдиа (по некоторым данным, после этого получил прозвище «главный похоронщик»). 14 марта 1995 года и.о. прокурора Чеченской Республики Б. Басханов подписал постановление о возбуждении уголовных дел и санкцию на арест Яндарбиева (вместе с другими шестью чеченскими лидерами — Асланом Масхадовым, Султаном Гелисхановым, Таймазом Абубакировым, Шамилем Басаевым и т. д.). Яндарбиеву вменялись ст. 170 (злоупотребление властью или служебным положением), ст. 64 (измена Родине) и ст. 77 (бандитизм). В середине января 1995 года Яндарбиев руководил обороной центра Грозного, его штаб располагался в подвале Президентского дворца. 22 апреля 1996 г. в связи со смертью Дудаева Госсоветом обороны ЧРИ объявлен президентом. 27 мая 1996 г. в Москве подписал соглашение о прекращении военных действий. Сформировал 28 сентября 1996 г. «правительство ЧРИ». Один из главных представителей ваххабизма в республике.
Агент влияния Саудовской Аравии в регионе. По данным МВД, занимался похищениями людей. 3 октября 1996 г. в Москве прошли переговоры между делегациями Чечни и России. Делегации возглавляли Зелимхан Яндарбиев и председатель правительства России Виктор Черномырдин. 27 января 1997 г. проиграл выборы президента Чеченской Республики Масхадову, заняв третье рейтин-говое место по итогам голосования (получил 10 2 % голосов).
12 февраля 1997 г. передал президентские полномочия Масхадову. Затем отказался сотрудничать с администрацией Масхадова и перешел в оппозицию. Уйдя в тень, создавал в Чечне «критическую массу» радикальных последователей ислама (ваххабитов), прикрывавших свою преступную деятельность зеленым знаменем Пророка. С началом второй чеченской кампании пытался задействовать все свои связи, чтобы получить дополнительные субсидии на войну. В октябре 1999 г. назначен личным посланником президента Чеченской Республики — полномочным представителем в мусульманских странах. Тогда же его «засекли» в Катаре и ОАЭ, где он получил «на нужды сопротивления русской экспансии» 35 миллионов долларов США. Деньги предполагалось израсходовать на подготовку боевиков в Афганистане с последующей переброской моджахедов в зону боевых действий. В январе 2000 г. стал представителем «Ичкерии» в Афганистане.