Существенных различий немного: 1) в то время как санкхья атеистична, йога теистична, поскольку постулирует существование высшего божества (Ишвары); 2) если санкхья считает, что единственный путь к спасению – метафизическое знание, то йога придает огромную важность медитативным приемам. Короче говоря, усилия Патанджали были в основном направлены на то, чтобы скоординировать философский материал, заимствованный из санкхьи, с предписаниями по концентрации, созерцанию и экстазу. Благодаря Патанджали йога, бывшая до него "мистической" традицией, стала "системой философии". Индийская традиция рассматривает санкхью как старейшую даршану. Основное значение термина санкхья, по-видимому, "различение"; главное зерно ее философии – отделение духа (пуруши) от первоматерии (пракрити). Старейший трактат этой школы – Санкхья-карика Ишваракришны; дата его создания точно не установлена, но вряд ли это могло произойти позднее V в. н.э. Среди комментариев на "Санкхья-карику" наиболее интересен трактат Вачаспатимишры Санкхья-таттва-каумуди. Другой важный текст – Санкхья-правачана-сутра (вероятно, XIV в.), с комментариями Анируддхи (XV в.) и Виджнянабхикшу (XVI в.).
Разумеется, важность хронологии сочинений санкхьи не стоит преувеличивать. В принципе любой индийский философский трактат содержит концепции, возникшие – и подчас очень задолго – до его составления. Если мы и находим какую-нибудь "инновацию" в философском тексте, это не означает, что она раньше нигде не встречалась. То, что в "Санкхья-сутрах" кажется "новым", вполне может иметь весьма древнее происхождение. Значимость этого факта согласуется с теми намеками и аллюзиями, которые обнаруживаются в тексте. Эти намеки могут очень хорошо раскрывать идеи, гораздо более древние, чем те, к которым они, как кажется, отсылают. Если исследователь и преуспеет в установлении хронологии различных источников – что в случае Индии гораздо более трудная задача, чем в случае любого другого региона, – все еще остается сложность датировки самих философских идей. Как и йога, санкхья имеет свою предысторию. Вполне вероятно, что истоки этой системы следует связывать с анализом конститутивных элементов человеческого опыта, различающим элементы, которые рассеиваются после смерти человека, и элементы "бессмертные", т.е. сопровождающие душу в ее посмертном существовании. Такой анализ встречается уже в Шатапатха-брахмане (X, 1, 3, 4), которая разделяет человеческое существо на три "бессмертные" и три "смертные" части. Другими словами, происхождение санкхьи связано с проблемой, мистической по сути: что в человеке продолжает жить после его смерти, что составляет истинное Я, бессмертный элемент человеческой природы?