Продвигаясь вверх по Оби, русские основали в 1594 году Нарын и около того времени, вероятно несколько позднее, Кетский острог в низовьях Кети обского притока. Здесь лежали земли селькупов. Еще южнее на притоке Оби, Томи, в 1604 году возник город Томск в землях еуштинских татар, добровольно признавших присоединение к московским владениям. Продвигаясь по Томи, русские отряды проникли в гористую местность, землю кузнецких татар, предков шорцев. Здесь в 1618 году был основан город Кузнецк.
Дальнейшее продвижение русских вниз по Оби и Обской губе соединило их с русскими поморами и коми-зырянами, продвигавшимися сюда Северным морским путем, в единый поток. Это привело к основанию, как мы видели, в 1601 году Мангазеи.
Все эти города, остроги, острожки строились в стратегически важных пунктах, на берегах рек, служивших основными транспортными магистралями, вблизи волоков. Выбиралось обычно возвышенное место, с которого обеспечивался хороший обзор окружающей местности. Бревенчатые стены, башни острога с остроконечными тесовыми кровлями, главки церквей живописно возвышались над лесными или степными просторами вписываясь в пейзаж. В XVII веке основным строительным материалом служило дерево. Большинство из перечисленных нами сибирских городов существует и поныне.
Присоединение сибирских земель к Московскому государству проходило, за немногими исключениями, мирным путем. Если не считать Западной Сибири, у сибирских народов еще не сложилось своей государственности, хотя кое-где родоплеменные отношения достигали стадии начавшегося разложения и наблюдались первые, весьма еще слабые ростки феодализации (у бурят, якутов). Развитию производительных сил народов Сибири препятствовали постоянные межплеменные усобицы, взаимные грабительские набеги, в которых были заинтересованы прежде всего князцы и тойоны. Представители феодализирующейся родоплеменной верхушки жестоко эксплуатировали рядовых соплеменников, устраивали военные походы на более слабые соседние племена, уводили у них скот, грабили имущество, захватывали пленных. Было широко распространено и рабство. В рабов обращали военнопленных и неоплатных должников. Россия находилась на более высоком уровне социально-экономического развития, нежели народы Сибири. Она находилась на стадии развитого феодализма с заметными зачатками промышленного производства, основанного преимущественно на крепостническом труде, и развитой для своего времени торговлей. Вхождение в состав Русского государства, общение с русскими переселенцами давало возможность сибирским народам знакомиться с более совершенными методами хозяйствования, перенимать у русских орудия труда, типы жилищ, черты быта и мировоззрения. Аборигенные народы под влиянием русских соседей приобщались к земледелию, незнакомым им доселе видам ремесел, осваивали заново или совершенствовали выплавку или обработку металла.