Анализ стадухинской челобитной и других документов позволяет установить, что речь идет об основании Среднеколымска, который и следует считать первым русским поселением на Колыме. Там поселились первые колымские «начальные люди», хранилась до отправки в Якутск собранная на Колыме соболиная казна. В ближайшие годы были основаны Верхнеколымское и Нижнеколымское зимовья, и таким образом русский контроль охватывал весь Колымский край.
Выбирая местоположение для русского поселения на Колыме, пока еще единственного, Стадухин и его товарищи руководствовались несколькими весомыми соображениями. По среднему течению реки обитало оседлое население, с которого легче было собирать ясак, тогда как в низовьях Колымы пришлось бы сталкиваться с кочевниками, которые в любой момент могли откочевать в иное место. К району Среднеколымского зимовья сравнительно близко подходила верхняя Алазея, до которой, как сказывали местные юкагиры, можно было добраться за три дня. Предводители казачьего отряда рассчитывали по-прежнему собирать ясак с алазейских юкагиров. Для этой цели местоположение Среднеколымского зимовья было наиболее удачным. В ранних колымских ясачных книгах можно найти упоминание о получении ясака с юкагиров, обитавших на Алазее. На Индигирку первые сведения об успешном походе Стадухнна и Зыряна на Колыму были доставлены алазейскими юкагирами, ходившими «по вся годы на Ковыму реку к ковымскнм мужикам, к пешим и оленным в гости».
Наконец, в выборе места для поселения на Колыме, когда на ней еще не было других зимовий, немаловажную роль сыграло и то, что до Среднеколымска могли свободно подниматься морские кочи. Зимовье это находилось примерно на равноудаленном расстоянии от устья до верховьев реки, и это давало возможность посылать экспедиции для сбора ясака по всему Колымскому краю.
Среднеколымские юкагиры-омоки, состоявшие из трех родов: Калянина, Аливина и Алаева, попытались было оказать сопротивление установлению русской власти. Стадухин и Зырян были вынуждены предпринять поход против «юкагирских мужиков-омоков». Завязался бой. Русские отвечали на юкагирские стрелы залпами из пищалей, сходились врукопашную.
Дежнев отличился в бою, убив «лутшево мужика Алаева брата». Сам Алай считался одним из самых влиятельных юкагирских князцов на Колыме. Русские смогли взять в плен Алаева сына Кениту и другого юкагира - Каляну. Их содержали в качестве аманатов в Среднеколымском зимовье. В бою Дежнев снова был серьезно ранен. «А меня, - писал он, - холопа твоего, в левую руку по завити железницею насквозь прострелили».