«Allow 1000 error fixes» — разрешить программе попытаться восстановить битый документ. Пожалуй, галочку ставить не надо.

«Do not convert "quotes" to «quotes»» — не конвертировать компьютерные кавычки в типографские. Эта операция нужная, и обычно программа отрабатывает ее без нареканий. Не ставим галочку.

«Do not convert [text] and {text} into footnotes» — не конвертировать текст в квадратных и фигурных скобках в сноски. Ставить или не ставить галочку — дело вкуса. Я лично предпочитаю делать сноски вручную.

«Do not convert _italic_ текст» — не конвертировать текст, обрамленный знаками подчеркивания в курсив. Ставим галочку. Не стоит разрешать программе делать это самой. Очень часто получается так называемый «рваный» курсив (С ло во) или, того хуже, курсивным становится только первое слово абзаца.

«Do not restore broken paragraphs» — не восстанавливат разорванные абзацы. Ставим галочку.

«Do not detect poems» — не выделять стихи. Ставим галочку однозначно. Программа определяет стихи исключитенльно по коротким строчкам и делает это крайне коряво.

«Only use marked with |^T^U headers» — выделять как заголовки исключительно абзацы выделенные тэгами

…

и (или) esс-последовательностями ^T^U. Ставим галочку, если текст скачан из библиотеки Максима Мошкова (Lib.ru).

«Ignore line indent (spaces at the line start)» — не считать пробелы в начале сроки признаком абзаца.

«Convert leading '-' to long dash '—' (dialogs)» — конвертировать компьютерный «минус» в начале строки в длинное тире. Ставим галочку, особенно, если конвертируем DOS-текст.

Вторая закладка — «Links», предназначена для настройки обработки html-файлов.

Первый блок — «Images», относится к картинкам, если таковые во входном файле имеются.

Опция «Remove ALL images from the document» убирает вообще все картинки.

«Remove off-site images» — убирает только те картинки, которые располагаются не на сайте, с которого был загружен конкретный html.

«Preserve dynamic images» — не удалять картинки с URL динамического вида, например, счетчики.

Блок «Linked documents»

«Remove external links» — просто убирает линки, ведущие за пределы документа.

Включение опции «Follow links» делает активными все последующие опции.

Теоретически, если исходный текст представлен в виде пачки html-файлов и имеется некий файл-оглавление со ссылками, можно включить эту опцию, открыть файл-оглавление, а остальные программа подстыкует автоматически. На практике это зачастую получается довольно коряво.