Второй экземпляр книги Бернар передал в монастырь Везеля, где она сохранялась многие десятилетия. В конце концов она исчезла во времена преследования тамплиеров, которое учинил французский король Филипп Красивый в начале XIV века.
«Бернар Великий сообщил нашему обществу мысли Иоганна из Иерусалима, нашего сына», — написано в одной из хроник монастыря, посвящённой призыву Бернара Клервоского ко Второму крестовому походу.
Третий экземпляр (точная дата неизвестна) попал в руки легистов — юристов французского королевского двора. Может быть, он был передан им каким-то монахом после смерти Бернара, которая случилась в 1153 году в Клерво? Во всяком случае, книга стала — и в этом мы уверены — одним из «доказательств», которые представлялись во время организованного Филиппом Красивым судебного процесса против ордена тамплиеров обвинителями со стороны короля. После того как в 1307 году были арестованы Великий мастер ордена Жак де Моле и шестьдесят рыцарей ордена, а их владения и рукописи были конфискованы, «тайные протоколы пророчеств» (это название возникло только в XIV веке) были представлены как «сочинения дьявола» и доказательство того, что тамплиеры состоят в связи с «силами зла».
Обвинители мало интересовались тем, что Иоганн из Иерусалима говорит о третьем тысячелетии. Для них, если он описывает будущее как «ад», значит, он подчиняет людей «воле зла». К этому добавлялись другие отвратительные преступления, в которых обвиняли тамплиеров (ритуальные убийства, содомия, ересь, взяточничество и т. д.): они — «солдаты дьявола, рыцари зла», и в протоколе суда фиксировались доказательства этого тёмного сговора. Рукопись Иоганна из Иерусалима, которая попала в руки французского суда, сыграла, таким образом, фатальную роль в судьбе ордена, одним из основателей которого был он сам.
Но дальше всё выглядит ещё более странным. Врач и астролог Мишель Нострадамус более двух столетий спустя, примерно в 1550 году, опубликовал два тома своих предсказаний под названием «Центурии». Когда он составлял их, то имел под рукой рукопись Иоганна из Иерусалима. Связь между Екатериной Медичи и провансальским астрологом была настолько тесной (она назначила его лечащим врачом Карла IX), что та доверила ему «тайные протоколы». Нострадамус — это очевидно, если сравнить оба текста (Иоганна из Иерусалима и Нострадамуса), — вывел из них собственные предсказания.
Этим он нарушил тайну, время раскрыть которую тогда ещё не пришло. Силы, которые он освободил таким образом, направились против него самого: его сын Мишель Нострадамус Младший был убит и сожжён возмущёнными людьми после того, как поджёг городок Пузен близ Привы в Севеннах. Он хотел доказать, что был прав, когда предсказывал разрушение города огнём. Третий экземпляр «тайных протоколов» исчез вместе с Мишелем Нострадамусом Младшим. Вероятно, его бросили в костёр вместе со лживым сыном кощунствующего отца.