Под стать главному выглядел и вспомогательный зенитный калибр. Немецкие крейсера имели по 6 двухорудийных 105-мм установок С/31 (LC/31), что обеспечивало огонь из 6 стволов в любом секторе. Сами установки уникальны тем, что имели стабилизацию в трех плоскостях — качество, которым не обладал ни один из зарубежных крейсеров, а также дистанционную систему наведения из постов управления зенитным огнем. Правда, в результате на них приходилась заметная доля веса, выделенного на вооружение, а слишком большая механизация и особенно электрификация привели к тому, что незащищенные от брызг электросхемы выходили из строя в плохую погоду. (Несмотря на то, что по внешнему виду спаренные установки выглядят настоящими башнями, наделе они были — открытыми, а их персонал — незащищенным от погодных условий и осколков.) На „Зейдлице“ и „Лютцове“ предполагалось установить новые системы С/37, отличавшиеся от С/31 размещением обоих орудий в единой люльке, что упрощало изготовление, несколько снижало вес и сложность конструкции. Полный вес каждой установки С/31 составлял 26,4 т, из которых 5300 кг приходилось на 10-мм броневую защиту (броня Wh), 1295 кг — на электропривод и 560 кг — на прицельные устройства (на С/37 этот вес достигал 745 кг). Несмотря на значительный вес, установки обладали удовлетворительной маневренностью: скорость вертикального наведения составляла 12 град/с (при ручном управлении — только 1,8 град/с).
По проекту полный боезапас всех 12 орудий по штатам состоял из 6420 снарядов (в т. ч. 240 трассирующих), по 535 на ствол. Однако реально на борт грузилось разное число, в зависимости от конкретных задач: например, в конце карьеры „Хиппер“ принимал 7360 штук, свыше 600 на ствол. В их число входило 3500 фугасов с головным взрывателем (против морских целей), столько же с дистанционной трубкой (для ПВО) и 160 трассирующих. В ранних походах он ограничивался 4800 (по 400 на ствол), что можно считать нормальным боезапасом.
Система наведения зенитной артиллерии, как и в случае главного калибра, являлась весьма развитой и сложной. Она включала 4 дальномерных поста и 2 главных поста управления огнем с 4 компьютерами, разделенных на две полностью дублирующих друг друга группы — носовую и кормовую. Все четыре КДП оборудовались своей индивидуальной системой стабилизации в трех плоскостях. В них помещались 4-метровые стереоскопические дальномеры и приборы для передачи данных к орудиям. В результате посты представляли собой внушительные сооружения, сравнимые по размерами с КДП главного калибра, прикрытые характерными круглыми куполами. Главные посты целеуказания помещались на топе фок-мачты, рядом с директором ГК и также полностью стабилизировались. Поскольку все „хозяйство“ предназначалось для наведения всего шести установок (по 3 с каждого борта), применялась сложная система переключателей, позволявшая включать и исключать отдельные компоненты практически в любом порядке. Так, например, из каждого КДП можно было дистанционно управлять всеми установками „своего“ борта плюс двумя ближайшими с другого. Конечно, это обеспечивало исключительную гибкость в использовании ресурсов, не достигнутую ни в одном флоте мира даже на современных линкорах, но могло привести к нежелательным сбоям при внезапном выходе из строя тех или иных элементов. Непросто было и синхронизировать переключение управления при „передаче“ воздушных целей от одной группы ПУАЗО к другой. Поэтому на практике обычно использовались далеко не все компоненты столь уникальной системы.