Буквально через несколько минут после смерти царя Ивана уже никто не вспоминал о «завещании» или о каких-либо других бумагах, а все ближние бояре начали действовать силой. Немедленно ворота Кремля были заперты, а его гарнизон поднят по тревоге. Шуйские объединились с Годуновыми и Романовыми и обвинили в измене семейство Нагих, родственников царевича Димитрия по матери. В ночь после смерти царя все Нагие и их родственники были заключены под стражу. Через несколько дней царевич Димитрий, его мать и часть Нагих были отправлены в Углич, остальных Нагих отправили в ссылку в разные города.
Богдан Бельский попытался организовать контрпереворот в пользу малолетнего Димитрия. Богдан ввел в Кремль несколько стрелецких сотен и пообещал им «великое жалование» и привилегии, если они не будут слушаться бояр, а станут подчиняться только ему. А тем временем бояре, разъехавшиеся по домам на обед, узнали о происшедшем. Никита Романов и Иван Мстиславский вернулись в Кремль с большой толпой вооруженных дворян и холопов. Стрельцы отказались открыть ворота вооруженной толпе, но одних бояр пропустили через калитку. Тогда боярская дворня попыталась взять ворота силой. На шум стал собираться народ, стрельцы схватились за оружие.
Среди москвичей разнесся слух, что Богдан Бельский со своими приспешниками извел царя Ивана, а теперь хочет побить бояр, извести царя Федора и сам сесть на царский престол.
Московские мещане и ратные люди собрались к Кремлю. Руководство толпой приняли рязанские дворяне – Ляпуновы, Кикины и др. Москвичи захватили пушки, стоявшие на Красной площади, и подтащили их к Фроловским (Спасским) воротам. Засевшие в Кремле стрельцы открыли огонь из пищалей, толпа также ответила огнем. В ходе перестрелки было убито около 20 человек и ранено до 100 человек.
Бельский струсил и выпустил из Кремля бояр Ивана Федоровича Мстиславского, Никиту Романовича Романова-Юрьева и двоих дьяков – братьев Щелкаловых. Увидев бояр, толпа заревела: «Выдайте нам Богдана Бельского: он хочет извести царский корень и боярские роды».
Тогда бояре объявили, что царь Федор приказал сослать Богдана Бельского в Нижний Новгород. Действительно, Богдан был отправлен в Нижний, правда, не как преступник, а на воеводство. Стрельцы покинули Кремль, успокоились и бунтовавшие москвичи.
Тем не менее обстановка в столице оставалась весьма неспокойной. По словам летописца, «пришли изо всех городов в Москву именитые люди и молили со слезами царевича Федора, что был на Московском государстве царем и венчался царским венцом». Это очень любопытно – зачем явились именитые люди в Москву? В столь опасном положении Боярская дума сочла необходимым призвать в Москву «лучших людей» со всей страны, чтобы решить вопрос, кому быть царем – совершеннолетнему, но неспособному править Федору или младенцу Димитрию. Горсей сообщает, что собор состоялся 4 мая в присутствии митрополита, архиепископов, епископов, игуменов и всего дворянства. До нас дошли сообщения современников иностранцев Пертея и Горсея о соборе в Москве. Англичанин Горсей даже сравнивал собор с английским парламентом.