Собор практически единогласно избрал Федора Ивановича на царство. Любопытно, что Федор первым из московских владык включил в свой титул наименование «самодержец». 31 мая 1584 г. Федор торжественно венчался на царство «по греческим обычаям». Долгая церемония утомила его. Не дождавшись конца коронации, Федор передал шапку Мономаха боярину Мстиславскому, а державу (тяжелое золотое яблоко) – Борису Годунову. Этот в принципе незначительный эпизод произвел гнетущее впечатление на всех присутствовавших.
Царь Федор мало походил на отца. Он был небольшого роста, приземист, одутловат, имел нетвердую походку. С его лица не сходила блаженная улыбка. Федор был крайне набожен. Ежедневно он подолгу молился, любил сам звонить на колокольне. Раз в неделю царь отправлялся на богомолье в ближние монастыри.
Набожность у Федора сочеталась с любовью к диким забавам и кровавым потехам. Федор буквально упивался зрелищем кулачного и в особенности медвежьего боя. На его глазах вооруженный рогатиной охотник отбивался как мог от медведя в круге, обнесенном стеной, из которого некуда было бежать. Потеха редко обходилась без крови. Кроткий царь Федор периодически бил палкой ближних бояр, доставалось и шурину Борису.
Положительно отзывался о Федоре лишь патриарх Иов, который видел в нем разумного политика и образец государя. Все остальные современники и особенно иностранцы были беспощадны к новому царю. Английский посол Флетчер писал: «Царь прост и слабоумен… мало способен к делам политическим и до крайности суеверен». Папский нунций Поссевино писал об идиотизме царя, граничащем с безумием. Польский посол Лев Сапега, вернувшись из Москвы, заявил на сейме: «Напрасно говорят, что у этого государя мало рассудка: я убедился, что он вовсе лишен его».
При царе Федоре постепенно стал исчезать страх, вызванный террором его отца. По этому случаю дьяк Иван Тимофеев записал: «Бояре долго не могли поверить, что царя Ивана нет более в живых, когда же они поняли, что это не во сне, а действительно случилось, через малое время многие из первых благородных вельмож, чьи пути были сомнительны, помазав благоухающим миром свои седины, с гордостью оделись великолепно и, как молодые, начали поступать по своей воле. Как орлы, они с этим обновлением и временной переменой вновь переживали свою юность и, пренебрегая оставшимся после царя сыном Федором, считали, как будто и нет его… »
Перед коронацией началась жестокая борьба сильнейших кланов (родов) за награды и пожалованья, которыми обычно сопровождалось восшествие на престол великих князей московских. Больше всех получил Борис Годунов. Федор возвел шурина в чин конюшего, то есть сделал старшим боярином. В 1565 г. царь Иван казнил последнего конюшего – князя А.Б. Горбатого-Шуйского – и упразднил чин конюшего. Восстановление чина конюшего и назначение 32-летнего боярина означало укрепление позиций клана Годуновых. В начале мая 1584 г. боярином и дворецким стал Григорий Васильевич Годунов. 31 мая получили боярство Степан и Иван Васильевичи Годуновы. В июне 1584 г. и в апреле 1586 г. Иван Васильевич Годунов упоминается как «боярин и дворецкий казанский и нижегородский и наместник рязанский». Таким образом, уже к лету 1584 г. в Боярской думе было пять бояр Годуновых, трое из которых занимали особые дворцовые должности.