Позже противники Годунова будут утверждать, что Василису Волохову направил в Углич Борис Годунов. Это подхватят падкие до сенсаций писатели. Вспомним драму А.К. Толстого «Царь Федор Иоаннович». На самом же деле Волохова много лет служила «постельницей» при Иване Грозном – ведала бельем в царской опочивальне. Она пользовалась полным доверием подозрительного царя. После смерти Грозного Василиса осталась при его вдове. Уже в Угличе Василиса выдала свою дочь замуж за Никиту Качалова, племянника ненавистного царице дьяка Михайлы Битяговского. Мария Нагая сочла это предательством, и Василиса из любимиц превратилась в предмет ненависти царицы.
Всего 15 мая по приказу Нагих толпа линчевала пятнадцать человек. Трупы их были брошены в ров у стен Угличского кремля. На третий день в Углич должна была прибыть следственная комиссия из Москвы. Лишь теперь до Нагих дошло, что за убийства придется отвечать. Ночью накануне приезда комиссии Михаил Нагой и его сторонник в администрации приказчик Русин Раков решили сфабриковать улики, свидетельствовавшие о виновности убитых. В этом им помогали слуга Григория Нагого Борис Афанасьев и холоп Михаила Нагого Тимофей. В частности, Тимофей принес живую курицу и зарезал ее. Кровью курицы были измазаны несколько длинных ногайских ножей и железных палиц, которые Русин Раков отнес в ров и положил на трупы Битяговских и их сторонников.
Руководить следствием в Угличе Боярская дума, а не один Борис Годунов, назначила Василия Ивановича Шуйского. К этому времени он был возвращен из ссылки и занял свое место в Боярской думе. Позже ряд историков и особенно писателей будут утверждать, что-де Шуйский стал зависимым клиентом, чуть ли не агентом Годунова. На самом деле Василий Иванович Шуйский был самым хитрым и изворотливым из бояр Шуйских. Ни о какой рабской зависимости Василия Шуйского от Годунова не могло быть и речи. Хотя с братьев Василия Шуйского и не была снята опала, они сохранили большинство своих вотчин. Богатейшими вотчинниками и членами думы оставались Скопины-Шуйские, которых опала вообще не коснулась. В такой ситуации расправа Годунова над руководителем следственной комиссии Василием Шуйским могла стоить Борису головы.
Замечу, что выбор Боярской думы был обусловлен не только знатностью Василия Шуйского, но и тем, что он до своей опалы в 1587 г. был начальником Судного приказа, то есть, говоря современным языком, что-то вроде генерального прокурора страны. Кому, как не ему, было поручить вести столь важное дело.
От церковных властей в состав комиссии вошел митрополит крутицкий Геласий. Заметим, что Годунова безоговорочно поддерживал патриарх Иов, но в церковных верхах была сильна оппозиция Годуновым. Мы увидим, что она сохранится, даже когда Борис станет царем. Никому из противников Годуновых не пришло в голову обвинять Геласия в прислужничестве Борису Годунову.