Важную роль в комиссии играли окольничий Андрей Петрович Клешнин и думный дьяк Елизар Вылузгин. Клешнин действительно поддерживал хорошие отношения с Годуновым, но, что гораздо более важно, он был зятем Михаила Нагого. Елизар Вылузгин заведовал Поместным приказом и среди приказных чиновников занимал одно из первых мест. В Угличе он имел в своем распоряжении штат подьячих, на которых и лежала вся практическая организация следствия. Члены комиссии принадлежали к различным придворным группировкам. Все они шпионили друг за другом, пристально следили за всеми действиями своих «коллег», чтобы использовать в своих интересах любую малейшую их оплошность. Таким образом, утверждение, что-де все члены комиссии были приверженцами Годунова, является досужим вымыслом.
Ряд историков XIX века, пристрастно относившихся к Годунову, выступали с утверждением, что дошедшее до нас следственное дело о смерти царевича представляет собой подделку. Сразу же бросались в глаза следы поспешной обработки «уг-лицкого дела». Кто-то разрезал и переклеивал листы, придавая им неправильный порядок, начало вообще исчезло.
Реконструировать следственное дело взялся его издатель В.К. Клейн. Он обратил внимание на ржавые пятна, покрывавшие многие страницы. Пятна были различной величины, но имели одинаковую конфигурацию. Это дало основание Клейну предположить, что документ пострадал от влаги еще в то время, когда хранился в архиве свернутым в свиток. Больше всего пострадали наружные листы, ближе к центру размер пятен уменьшался, а внутренние листы были и вовсе чистыми, так как влага туда не проникла. Учитывая размеры пятен, Клейн уложил разрезанные листы в нужном порядке, и сразу появился связный и полный текст. Отсутствовали лишь первые листы, которые, очевидно, намокли больше всего и затем просто отвалились. В Средние века на Руси принято было рукописи скатывать в свитки, и последние листы оказывались наружными. В «углицком деле» почему-то, наоборот, наружными были первые листы. Это и неудивительно. Ведь чтобы прочитать свиток, его надо было перемотать, чтобы начало оказалось снаружи. И в архивах рукописи всегда хранились уже подготовленными для чтения, то есть перемотанными. Это и объясняет, почему подмокли именно первые листы, а не последние. Во времена царствования Петра I архивы перешли на новую систему хранения документов. Большие и неудобные для чтения свитки архивариусы перекомпоновывали в тетради. Они-то и разрезали угличское дело на отдельные листы, которые потом оказались перепутанными.
Есть мнение, что сохранившееся угличское дело – это беловик, составленный в Москве канцелярией Бориса Годунова, а черновики допросов, написанные в Угличе, не дошли до наших дней. Палеографическое исследование рукописи опровергает эту версию. «Углицкое дело» написано многими писцами, можно выделить шесть основных почерков писцов. Кроме того, в тексте документа имеется не менее двадцати подписей свидетелей из Углича. Все подписи строго индивидуализированы и отражают степень грамотности писавших. Не могли же все эти свидетели приехать из Углича в Москву, чтобы подписать беловик.