Однако на Руси всегда предпочитали судить политических противников не за их проступки, а навешивать на них ярлыки. В начале XVII века был ярлык – «колдун», а в ХХ веке – «шпион». Вспомним, что Троцкий, Тухачевский, Ежов и Берия были агентами иностранных разведок. И если с первых двух обвинения в шпионстве были позже сняты, то в 2000 г. «демократическая» Фемида еще раз подтвердила, что Ежов и Берия были платными агентами иностранных разведок. Соответственно, Романовым и их сторонникам в вину было поставлено колдовство и «коренья». Борису очень хотелось показать, что он борется не с большим боярским кланом, а с отдельными колдунами, посягнувшими на здоровье и жизнь членов царской семьи.
В летописи дело представлено так: дворовый человек и казначей боярина Александра Никитича Романова, Бартенев, пришел тайно к дворецкому Семену Годунову и объявил, что готов исполнить волю царскую над господином своим. По приказу царя Семен с Бартеневым наложили в мешки разных корешков, и мешок этот Бартенев должен был подкинуть в кладовую Александра Никитича. Бартенев исполнил это и вернулся к Семену Годунову с доносом, что его господин припас отравленное зелье. Борис Годунов приказал окольничему Салтыкову обыскать дом Александра Никитича. Тот нашел мешки с какими-то корешками и привез их прямо на подворье к патриарху Иову. Собрано было много народу, и при всех из мешков высыпали корешки. Привели братьев Никитичей. Многие бояре кричали на них, обвиняемые же не могли ничего ответить в свое оправдание из-за криков и шума. Романовых арестовали вместе с их родственниками и сторонниками – князьями Черкасскими, Шастуновыми, Репниными, Сицкими, Карповыми. Братьев Никитичей и их племянника князя Ивана Борисовича Черкасского не раз пытали. Дворовых людей Романовых, мужчин и женщин, пытали и подстрекали оговорить своих господ, но те не сказали ничего.
Обвиненные находились под стражей до 30 июня 1601 г., когда Боярская дума вынесла приговор. Федора Никитича Романова постригли в монахи под именем Филарета и послали в Антониев-Сийский монастырь. Его жену Ксению Ивановну также постригли под именем Марфы и сослали в заонежский погост Толвуй. Ее мать, Марию Ивановну, сослали в монастырь в Чебоксары. Александра Никитича Романова сослали к Белому морю в Усолье-Луду, Михаила Никитича – в Пермь, Ивана Никитича – в Пелым, Василия Никитича – в Яренск, сестру их с мужем Борисом Черкасским и детьми Федора Никитича, пятилетним Михаилом и его сестрой Татьяной, с их теткой Настасьей Никитичной и с женой Александра Никитича сослали на Белоозеро. Князя Ивана Борисовича Черкасского – на Вятку в Малмыж, князя Ивана Сицкого – в Кожеозер-ский монастырь, других Сицких, Шастуновых, Репниных и Карповых разослали по разным дальним городам.