Однако, в соответствии с изменениями, внесенными Законом №85-ФЗ, при подаче заявления в налоговый орган по месту своего нахождения должны будут сообщить не только о размере дохода за 9 месяцев текущего года, но и о средней численности работников за указанный период и остаточной стоимости основных средств и нематериальных активов по состоянию на 1 октября текущего года.
Организации, имеющие филиалы и (или) представительства, в соответствии с пп. 1 п. 3 ст. 346.12 НК РФ не вправе применять упрощенную систему налогообложения.
Таким образом, если организация создала обособленное подразделение, которое не является филиалом или представительством, а также не указано в качестве таковых в учредительных документах создавших их организаций, то организация вправе будет продолжать применять УСН.
При этом уплата налога и квартальных авансовых платежей по единому налогу, уплачиваемому при применении УСН, производится по месту нахождения организации, т.е. по месту ее государственной регистрации (п. 6 ст. 346.21 НК РФ).
Перечень лиц, которые не вправе применять УСН, приведен в п. 3 ст. 346.12 НК РФ. В него включены иностранные организации, имеющие филиалы, представительства и иные обособленные подразделения на территории Российской Федерации.
Включение иностранных организаций, имеющих филиалы, представительства и иные обособленные подразделения на территории Российской Федерации, в перечень организаций, которые не вправе применять УСН, связано с необходимостью постановки российских и иностранных организаций в равные условия, так как в настоящее время российские организации, имеющие филиалы и (или) представительства не вправе применять УСН.
Ранее не предусматривалось особого порядка и условий прекращения применения УСН в случае, если у организации в течение налогового периода, в котором она применяла УСН, произошла смена состава учредителей, вследствие чего доля непосредственного участия в данной организации других организаций превысила 25%.
Пп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ установлено ограничение применения УСН для организаций, в которых доля непосредственного участия других организаций составляет более 25.
В соответствии с подп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ Законом от 21.07.2005 № 101-ФЗ, бюджетные учреждения не могут применять упрощенную систему налогообложения.
По мнению ВАС РФ, изложенному в Решении от 19.11.2003 N 12358/03, положения пп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ не распространяются на унитарные предприятия, поскольку их имущество не распределяется по вкладам (долям, паям). Поэтому указанные предприятия могут применять УСН.