Назначение Духонина на должность начальника штаба Ставки, вначале многие штабные деятели расценивали, как временное явление, стараясь объяснить это каким-то капризом Верховного командующего, не совсем хорошо успевшего познать деловые качества прочих сотрудников Ставки. Сдавший свой пост Духонину генерал Алексеев тоже не был в особом восторге от такого выбора, но время показало правильность решения Корнилова.
Свое первое боевое крещение, как самостоятельного стратега, Духонин получил в октябре месяце. Тогда германский Генеральный штаб, для поднятия боевого духа в рядах германских солдат и матросов, решил закрепить свое удачное наступление в Прибалтике новой наступательной операцией, целью которой являлся захват островов Моонзундского архипелага. В случае удачи, немцы полностью закреплялись в Ирбенах, вытесняли находившиеся там русские корабли, и создавали прекрасный плацдарм к вторжению в Эстляндию с кратчайшим выходом к Петрограду.
Для выполнения этого смелого замысла, немцы имели очень хорошие шансы. Большой Флот англичан под командованием адмирала Джеллико полностью бездействовал в Северном море, что позволило Флоту Открытой Воды беспрепятственно перевести на Балтику свои главные силы: эскадры линкоров и линейных крейсеров. Помимо того, в Гельсингфорсе на базе линейных кораблей Балтфлота, по-прежнему, царила полная анархия, ликвидировать которую Корнилов ещё не успел. Матросские комитеты митинговали, принимали одну резолюцию за другой, но воевать не желали.
По сути дела, в октябре 1917 года германский Генеральный штаб повторял план своей операции 1915 года по прорыву в Ирбены, но только с большим размахом. Для десантирования на Эзель была выделена усиленная пехотная дивизия, которая была усилена кавалерией, мотоциклистами и огнемётчиками. Общая численность десанта составляла 23 тысячи человек, 500 лошадей и большое количество снаряжения.
На штурм укреплений Моонзунда немцы бросили более две трети всего флота, поручив командование собранными силами вице-адмиралу Шмидту, командующему
I эскадрой. В помощь ему был создан особый штаб, состоящий из офицеров штаба флота и Адмирал-штаба во главе с капитаном цур зее фон Леветц, который вместе со Шмидтом разместился на линейном крейсере «Мольтке».
Под командованием Шмидта также находилась эскадра адмирала Бенке в составе пяти линкоров: «Кёниг», «Байерн», «Гросс Курфюрст», «Кронпринц», «Маркграф», эскадра адмирала Сушона в составе пяти линейных кораблей: «Фридрих Великий», «Кёниг Альберт», «Кайзерин», «Принц-регент Луитпольд», «Кайзер» и две эскадры лёгких крейсеров адмирала Рейтера и адмирала Гопмана. Кроме этого была создана эскадра миноносцев и тральщиков под командованием коммодора Генриха.