С началом Первой мировой войны Эйке был зачислен в 22-й Баварский пехотный князя Вильгельма Гогенцоллерна полк. Полк воевал в составе 6-й армии кронпринца Рупрехта Баварского, куда вошли все баварские части. Эйке принял участие в боевых действиях на Ипре, у Нев-Шапеля, в затяжных позиционных боях во Фландрии. Сначала Эйке занимал различные посты в штабе – был писарем, помощником казначея, а затем был переведен и в боевые части и принял участие в боях.
Еще до войны Эйке познакомился с Бертой Швебель (Schwebel), уроженкой Ильменау. В конце 1914 года командир одобрил выбор Эйке (это было необходимо для срехсрочников) и предоставил Эйке отпуск для женитьбы. 26 декабря 1914 года Теодор вступил в законный брак с Бертой. В этом браке родилось двое детей: дочь Ирма (родилась 5 апреля 1916 года) и сын Герман (родился 4 мая 1920 года). К детям Эйке мы еще вернемся несколько позже.
В 1916–1917 годах Эйке воевал в составе 2-го Баварского пешего артиллерийского полка, который входил во 2-ю Баварскую пехотную дивизию. Полк Эйке был переброшен под Верден и во время самой кровопролитной операции на Западном фронте Первой мировой войны потерял почти половину своего состава. Эйке, правда, это не коснулось – большую часть времени он провел в штабе, однако укорить его в отсутствии храбрости нельзя: Железный крест 2-го класса он все же заслужил, кроме того, Эйке за отличия на фронте был награжден брауншвейгским Крестом за заслуги 2-го класса, баварским Орденом заслуг 2-го класса и баварским Знаком отличия за военную службу 3-го класса. С 1917 года и до конца войны Эйке служил в резервной пулеметной роте (Ersatz-maschinengewehr Kompanie) II Баварского армейского корпуса генерала кавалерии Отто фон Штеттена, сражавшегося во Франции. К этому времени он вновь вернулся к исполнению обязанностей казначея.
11 ноября 1918 года германские представители подписали условия перемирия – война была проиграна, крайзер Вильгельм II, присягу которому Эйке принес, поступая на службу, бежал в Голландию. Положение осложнялось и тем, что родина Эйке – Лотарингия была оккупирована войсками союзников и возвращаться Теодору было просто некуда. Не столько война, сколько поражение ожесточили Эйке, тем более что новому руководству его услуги не были нужны – армия сокращалась в разы (позже по условиям Версаля в ней разрешено будет оставить 100 тысяч человек, и места для Эйке среди них не было). Теодор пополнил ряды сотен тысяч фронтовиков, уверенных, что германская армия проиграла войну исключительно из-за «предательства тыла» – это позже возникнет ставшая популярной концепция «удара кинжалом в спину». А пока, приехав на родину жены, в Ильменау, он видел только хаос, марширующие по улицам отряды коммунистов и нищих фронтовиков, выброшенных на обочину жизни. Эйке не отличался аналитическим умом и не хотел задумываться о том, что привело Германию к катастрофе. Как и многие другие, он увидел врагов в «ноябрьских преступниках» – социал-демократах, коммунистах и евреях.