30 января 1937 года Эйке был избран депутатом Рейхстага – это свидетельствовало о высокой оценке его работы. Быть депутатом Рейхстага было почетно, хотя во времена Третьего рейха никакого дополнительного влияния не давало. Правда, это давало дополнительные материальные блага – неплохой оклад и, что еще важнее, бесплатный проезд на транспорте. Вообще, в Рейхстаге было довольно значительное количество высших офицеров СС, и Эйке был не исключением. Но в системе концлагерей он был единственным депутатом высшего законодательного органа Германии.
Уже в 1938–1939 году Гиммлер стал рассматривать подготовленные Эйке соединения «Мертвая голова» как возможную основу для формирования боевых частей СС. Именно в этом направлении действовали директива рейхсфюрера СС от 17 августа 1938 года и его же распоряжение от 18 мая 1939 года. В соответствии с ними предусматривалась в случае начала войны «возможность развертывания соединений СС “Мертвая голова” до 50 000 солдат».
Польская кампания
В Польской кампании соединения «Мертвая голова» приняли участие не как регулярные вооруженные формирования, то есть собственно военных действий они не вели. Тем не менее именно подчиненные Эйке первыми стали готовиться к войне с Польшей. Еще в июне 1939 года Генрих Гиммлер распорядился включить в состав Данцигского хаймвера 3-й штурмбанн 4-го полка соединений СС «Мертвая голова» «Остмарк» (около 500 человек) под командованием оберштурмбаннфюрера Ганса Фридемана Гётце. Штурмбанн был переброшен в Данциг и переформирован в противотанковый учебный штурм СС (Panzerabwehr-Lehrsturm der SS-Totenkopfstandarten). 5–7 сентября 1939 года Данцигский хаймвер (1550 человек) принял участие в боях с польскими войсками на Вестерплятте (где потерял около 50 человек), а затем был придан «родным» соединениям «Мертвая голова».
Предполагалось, что с началом военных действий против Польши штандарты «Мертвая голова» войдут на ее территорию вслед за частями вермахта и будут заниматься «зачисткой» в тылу. Для участия в операции были выделены штандарты «Верхняя Бавария», «Бранденбург» и «Тюрингия» – всего около 7 тысяч человек. Их задачей было оказание помощи эйнзатцгруппам, сформированным СД и полицией безопасности. 7 сентября 1939 года группенфюрер СС Теодор Эйке принял командование тремя штандартами на театре военных действий. Штандарты «Верхняя Бавария» и «Тюрингия» действовали в области ответственности (в тыловом районе) 10-й армии генерала Вальтера фон Рейхенау в Верхней Силезии, штандарт «Бранденбург» – 8-й армии генерала Йоханнеса Бласковица в Центральной Польше. 10 сентября Эйке был официально назначен Высшим руководителем СС и полиции в оперативной зоне 8-й и 10-й армий. 13 сентября части соединений «Мертвая голова» перешли немецко-польскую границу и начали проведение «операций». Особенно «отличился» штандарт «Бранденбург» штандартенфюрера СС Пауля Ноститца,