Начиная с июня 1918 г. повседневная деятельность Сталина в правительственном аппарате отошла примерно на два года на задний план и уступила место усилиям по преодолению кризиса, в котором оказалась новая власть. Как и многие другие партийные руководители, он отдавал все силы решению первостепенной задачи спасения революции в условиях военной конфронтации с белыми. Короче говоря, Сталин отправился на войну.
Хотя судьба большевистской революции во многом зависела от поведения крестьян, она главным образом опиралась на городское население. Захватить власть в Петрограде, Москве и других крупных городах удалось за несколько недель без большого кровопролития. Однако при наличии общественных сил, не примирившихся с революцией, а также в условиях царившего на большей части огромной страны хаоса, трудностей на транспорте и в средствах связи, существования очагов вооруженной контрреволюции, относительно спокойный начальный этап революции неизбежно должен был смениться и действительно сменился ожесточенной гражданской войной 1918 - 1920 гг.
Белые армии выступили под командованием бывших генералов царской России, таких как Деникин, Юденич, Врангель. Возникли местные антибольшевистские правительства, в том числе в Сибири, в Омске, во главе с адмиралом Колчаком. Военное вмешательство извне (главным образом со стороны Франции, Великобритании, Японии и Соединенных Штатов) не ограничилось поставками белым боеприпасов и снаряжения; была осуществлена и прямая вооруженная интервенция. У красных тем временем появился талантливый военачальник Троцкий, который оставил Наркоминдел, чтобы стать народным комиссаром по военным и морским делам и председателем Реввоенсовета Республики. В результате мобилизации (сначала проведенной среди рабочих Петрограда и Москвы) Красная Армия к концу 1918 г. уже насчитывала 800 000 бойцов, а через год их число выросло вчетверо.
Наиболее критическое положение сложилось летом 1918 г. Германская армия оккупировала Украину и другие территории, отторгнутые от России по условиям Брестского мира. На востоке и юго-востоке антибольшевистские силы контролировали часть Поволжья и Донскую область. Фактически власть Советов ограничивалась территорией исторически сложившейся центральной России - областями, примыкающими к Петрограду и Москве, а также к югу и юго-востоку от столицы. Кризисную ситуацию еще больше усугублял голод. Разруха в промышленности, инфляция нарушили нормальный обмен между городом и деревней. Практически отсутствовал всякий стимул, который мог бы побудить крестьян везти в город хлеб и другие продукты. В подобных условиях борьба за выживание нового строя стала, по существу, борьбой за хлеб. По деревням отправили вооруженные продовольственные отряды, которые силой отбирали хлеб. Желая при конфискациях заручиться поддержкой части крестьян, власти создали во многих деревнях "комитеты бедноты". В них вошли беднейшие крестьяне (часто сами голодавшие), которые должны были помочь Советам организовать изъятие хлеба у кулаков и у других лиц, подозреваемых в укрытии излишков зерна. За это члены комитетов получали установленную долю конфискованного хлеба. В итоге сама деревня превратилась в арену кровопролитнейшей классовой борьбы.