Вообще в среде петербургской профессуры еще в 1900-е годы бытовало мнение, что «Киевская академия по свежести и прогрессивности теперь у нас первая», это прямо связывалось с тем, что «она находится в руках такого человека, как Кудрявцев, который, не будучи членом Совета, держит последний в руках. Я просто испугался этого распространяющегося мнения, — писал Кудрявцеву в декабре 1906 года его петербургский корреспондент К. М. Агеев. — Вспомнились выпады против тебя Голубева...» Внутреннее движение в Академии, столкновение мнений, видимо, нарастало с начала века, и можно думать, что А. И. Булгаков занимал позицию умеренную, серединную, возможно, и примиряющую. Именно ее, нам кажется, будет впоследствии со всей осторожностью, требуемой условленным языком некролога, стремиться очертить Вл. Рыбинский: «Когда в Киеве несколько лет тому назад образовался кружок духовных и светских лиц, имевший целью обсуждение церковных вопросов и уяснение основ назревшей церковной реформы, Афанасий Иванович был одним из усерднейших членов этого кружка и принимал самое горячее участие в спорах». И пояснит специально, что «почивший профессор был очень далек от того поверхностного либерализма, который с легкостью все критикует и отрицает; но в то же время он был противником и того неумеренного консерватизма, который не умеет различать между вечным и временным, между буквой и духом и ведет к косности церковной жизни и церковных форм». Такого рода душевный склад и интеллектуальное поведение, авторитетное для сына при жизни отца, быть может, еще более глубоко было продумано им впоследствии.
После ревизии, проведенной в Академии в 1908 году архиепископом волынским Антонием (который, среди прочего, назвал П. П. Кудрявцева «русским Вольтером»), после написанной прогрессивным крылом Академии в ответ на итоги ревизии «Правды о Киевской духовной академии», введения нового устава и уже определившегося раскола академической корпорации на «левых» и «правых» прогрессивные веяния продолжали витать и на кафедрах, и, видимо, еще более — на домашних «журфиксах». В свои юные годы Булгаков всегда имел прямую возможность встать ближе к этим веяниям — хотя бы по семейным связям с Н. И. Петровым, В. И. Экземплярским, В. 3. Завитневичем, — но пока нет фактов, которые позволили бы утверждать, что этой возможностью он воспользовался. Мы спрашивали, например, Татьяну Николаевну (первую жену Булгакова), ходил ли он к зданию суда в дни процесса по делу Бейлиса (в 1913 году, когда Булгаков был уже студентом). Нет, она уверенно отвечала, что не ходил, они только проходили мимо суда, направляясь по своим делам, в момент объявления приговора и видели, как обнимались и целовали друг друга люди. О том же говорит Е. Букреев: «Я уверен, что он не был на суде». Сравним с этими свидетельствами воспоминания дочери П. П. Кудрявцева: «Активно, горячо боролся отец с юдофобскими настроениями в дореволюционном Киеве. Помню нашумевший в 1913 году процесс Бейлиса. Была я тогда в VI классе гимназии, было мне, следовательно, лет 15—16. Мама решила в одно из воскресений устроить вечеринку, собрать молодежь, наших сверстников. Вышло так, что это было как раз накануне объявленного уже суда над Бейлисом. Помню, как взволновался папа, узнав о готовящемся на завтра вечере: „Как, — говорил он маме, — Бейлиса завтра осудят, а вы танцевать будете?" Вечеринка была, конечно, отменена».