Умирающий Василий имел много причин беспокоиться о судьбе малолетнего сына: при малютке осталось двое дядей, которые хотя отказались от прав своих на старшинство, однако могли при первом удобном случае, отговорясь невольною присягою, возобновить старые притязания; эти притязания тем более были опасны, что вельможи, потомки князей, также толковали о старых правах своих и тяготились новым порядком вещей, введенным при Василии и отце его. "Вы бы, братья мои, князь Юрий и князь Андрей, стояли крепко в своем слове, на чем мы крест целовали", - говорил умирающий братьям; боярам он счел нужным напомнить о происхождении своем от Владимира киевского, напомнить, что он и сын его прирожденные государи; Василий знал, что в случае усобицы и торжества братьев должны повториться те же явления, какие происходили при деде его, Василии Темном, что тогда малюткам - детям его нельзя ждать пощады от победителя; и вот он обращается к человеку, по близкому родству обязанному и по способностям могущему блюсти за сохранением семьи великокняжеской: "А ты бы, князь Михайло Глинский, за моего сына, великого князя Ивана, за мою великую княгиню Елену и за моего сына, князя Юрья, кровь свою пролил и тело свое на раздробление дал".
Опасения умирающего сбылись: тотчас после похорон Василия вдове его донесли уже о крамоле. Летописцы оставили нам об этом деле разные свидетельства: по одним, двое князей Шуйских, Иван и Андрей Михайловичи, еще при великом князе Василии отъезжали к удельному князю Юрию; Василий отправил к брату с требованием их выдачи, и тот беспрекословно исполнил это требование; Василий велел оковать отъезжиков и разослать их по разным городам; но великая княгиня Елена, ставши правительницею, приказала освободить их по ходатайству митрополита и бояр. Первым делом Андрея Шуйского по возвращении в Москву была новая крамола: он начал подговаривать князя Бориса Горбатого к отъезду, объявил, что князь Юрий зовет его, Андрея, к себе и он хочет к нему ехать. "Поедем со мною вместе, - говорил он Горбатому, - а здесь служить - ничего не выслужишь: князь великий еще молод, и слухи носятся о князе Юрии; если князь Юрий сядет на государстве, а мы к нему раньше других отъедем, то мы у него этим выслужимся". Горбатый не только сам не согласился отъехать, но и Шуйскому отсоветовал; тогда последний, видя неудачу и опасаясь последствий своей откровенности с Горбатым, решился предупредить его: явился к великой княгине и объявил, что князь Борис зовет его отъехать к князю Юрию, который также присылал и к нему с приглашением; но правда открылась, и князя Шуйского посадили опять под стражу. При этом бояре сказали правительнице, что надобно схватить и князя Юрия; Елена отвечала им: "Как будет лучше, так и делайте". Бояре сочли за лучшее отделаться заблаговременно от удельного князя, и Юрий вместе с своими боярами посажен был под стражу в той самой палате, где прежде сидел племянник его, несчастный Димитрий, внук Иоанна III.