Из всех структурных реформ, проведенных в британских разведывательных службах после войны, наиболее радикальные коснулись военных. Определенная однотипность задач, стоящих перед службами вооруженных сил, и все большее совпадение их функций с функциями гражданских разведывательных учреждений вынуждало глав военных разведывательных подразделений пересматривать традиционную систему, при которой каждый род войск имел свою разведку.
В 1946 году было впервые создано координационное подразделение, носившее название Объединенное разведывательное бюро. Руководителем его назначили Кеннета Стронга. Несмотря на небольшую численность персонала, бюро оказалось влиятельным и успешно функционирующим подразделением; [14] его структура была взята в качестве образца для последующей реорганизации военных разведок. Вновь созданный Штаб разведки министерства обороны взял на себя контроль над разведывательными службами армии, ВМС и ВВС, а также почти над всеми подразделениями министерства обороны, занимавшимися вопросами безопасности. Однако три службы оставались более или менее независимыми. Финальная фаза реорганизации произошла во время пребывания на посту министра обороны Дэниса Хили. Самостоятельные разведслужбы упразднили, создана единая структура этих служб, командование ею по очереди возлагалось на глав разведслужб родов войск. Начальником разведки министерства обороны является вице-адмирал Рой Холидей, его заместитель генерал-лейтенант Джеймс Главер занимает должность заместителя начальника штаба министерства обороны (по разведке). Им подчиняются пять главных департаментов: департамент войсковой разведки — глава вице-маршал ВВС У. Д. Херрингтон, департамент разведки управления и поддержки — контр-адмирал Д. К. Робертсон, департамент разведки тыла — Д. Е. Чемберлен, департамент научно-технической разведки — Н. X. Хьюджес, департамент экономической разведки — У. К. Радкин. Первые два из перечисленных постов руководителей департаментов являются наиболее важными.
Старший персонал разведки размещается в здании министерства обороны на Уайтхолле. Разведывательные оценки и доклады готовятся в здании, расположенном на месте бывшего отеля «Метрополь» на Нортумберленд авеню в Лондоне.
Министерство обороны имеет два управления, занимающихся обеспечением физической защиты зданий и сооружений и безопасностью контрактных работ, не входящих в компетенцию военной разведки. Выполнение всех других задач, затрагивающих вопросы безопасности и разведки, включая проверку сотрудников министерства обороны и их родственников, возложено на Штаб разведки министерства обороны.