Первоначально предполагалось, что «Союз–П» будет обеспечивать сближение корабля с вражеским космическим объектом и выход космонавтов в открытый космос с целью обследования объекта. Затем, в зависимости от результатов осмотра, космонавты либо выведут объект из строя путем механического воздействия, либо «снимут» его с орбиты, поместив в контейнер корабля.
По здравому размышлению от такого технически сложного и опасного для жизни космонавтов проекта отказались. В то время практически все советские спутники снабжались аварийной системой подрыва, страхующей его от захвата. Адекватных действий ожидали и от потенциального противника, потому резонно заключили, что при таком варианте космонавты могут стать жертвами мин–ловушек.
Теперь предполагалось создать корабль «Союз–ППК» («Пилотируемый перехватчик») на двух космонавтов, оснащенный восемью небольшими ракетами. Изменилась и схема действия системы. По–прежнему корабль должен был сблизиться с космическим аппаратом противника, но теперь космонавты не должны были покидать корабль, а визуально и с помощью бортовой аппаратуры обследовать объект и принять решение об его уничтожении. Если такое решение принималось, то корабль удалялся на расстояние километра от цели и расстреливал ее с помощью бортовых мини–ракет.
Ракеты класса «космос–космос» для этого перехватчика должно было делать оружейное КБ Шипунова. Аппарат представлял собой модификацию радиоуправляемого противотанкового снаряда, уходящего к цели на мощном маршевом двигателе и маневрирующего в космосе путем зажигания маленьких пороховых шашек, которыми была буквально утыкана его передняя часть. При подлете к вражескому объекту (например, к американскому спутнику–шпиону) по команде от радиовзрывателя боевая часть подрывалась, и ворох осколков на огромной скорости попадал в цель, уничтожая ее.
Помимо корабля–перехватчика «Союз–П» в филиале № 3 Дмитрия Козлова разрабатывались военные корабли «Союз–ВИ» («Военный исследователь») и «Союз–Р» («Разведчик»).
Проект корабля «7К–ВИ» («Союз–ВИ», «Звезда») появился во исполнение постановления ЦК КПСС и Совета Министров от 24 августа 1965 года, предписывающего ускорить работы по созданию военных орбитальных систем. За основу «Союза–ВИ», как и в предыдущих случаях, была принята конструкция орбитального корабля «Союз», но начинка и система управления сильно отличались. Конструкторы филиала № 3 обещали военным создать универсальный боевой корабль, который мог осуществлять визуальную разведку, фоторазведку, совершать маневры для сближения и уничтожения космических аппаратов врага.