Но как хорошо не обстояли бы дела России и Турции и как удачно они не складывались бы в Польше, окончательную точку в войне со Швецией должна была поставить русская армия. Ее проблемам Петр и посвятил зимой свое основное время и внимание. Прежде всего, он позаботился о ее четкой организации, увеличении численности и пополнении офицерскими кадрами, о переходе на новые образцы вооружения и обучение солдат и офицеров современным приемам боя и способам ведения боевых действий.
В настоящее время русская армия имела в своем составе два гвардейских полка, 52 пехотных, три гренадерских, 28 кавалерийских. Пехота и кавалерия были сведены в бригады из двух-пяти полков, бригады — в дивизии по три в каждой. Наряду с бригадами и дивизиями формировались отдельные корпуса, выполнявшие вспомогательные обязанности и несение гарнизонной и охранной службы, в состав которых вошли в основном полки «старого строя» — стрельцы. Бригады, дивизии и корпуса были непостоянного состава, их численность могла увеличиваться и уменьшаться в зависимости от поставленной перед ними задачи.
Полковая артиллерия входила в штат своих полков, а полевая и осадная были сведены в один артиллерийский полк: четыре пушкарские роты, четыре бомбардирские команды, одна понтонная и одна инженерная роты общей численностью в 674 офицера и солдата при 126 орудиях.
Бичом русской армии являлось дезертирство, появившееся сразу после начала формирования в 1700 году полков «нового строя» и принявшее массовый характер после введения в 1705 году принципа комплектования армии путем рекрутских наборов. Петр всегда с холодом в груди вспоминал, как осенью 1707 года в стоявших на Висле 23 русских драгунских полках вместо 23 тысяч числившихся по штату человек налицо были только 8 тысяч — остальные находились в бегах. Дезертирство приняло настолько широкий размах, что поражало живущих в России иностранцев, и английский посол Витворт постоянно отмечал этот факт в своих донесениях в Лондон.
Не лучшим образом обстояло дело и в офицерском корпусе русской армии. Офицеров-помещиков мало привлекала перспектива подолгу находиться вне семьи и поместья зачастую за пределами России, оставляя землю и хозяйство без надлежащего присмотра, и они всеми способами стремились избежать службы. Доброе слово и увещевания воздействия на них не оказывали, и Петр был вынужден принять карательные меры: за уклонение от военной службы, за несвоевременное возвращение из отпуска, за самовольную отлучку из полка продолжительностью свыше месяца офицеры-помещики лишались поместий, на них накладывался штраф до трех тысяч рублей, с их владений брались лишние даточные люди.