Поскольку генерал Лукомский, а вслед за ним генерал В.Н.Клембовский отказались сменить Корнилова в должности Верховного главнокомандующего, Керенский очутился в двусмысленном положении, ибо вынужден был оставить руководство армией в руках человека, которого сам публично обвинил в государственной измене. Запретив вначале командирам армейских частей выполнять распоряжения Корнилова, он вынужден был теперь пойти на попятную и разрешить выполнять приказы Корнилова, относящиеся к военной области. Корнилов нашел эту ситуацию в высшей степени необычной: «Получился эпизод — единственный в мировой истории, — писал он, — главнокомандующий, обвиненный в измене и предательстве <...> получил приказание продолжать командование армиями, так как назначить другого нельзя»>78.
После разрыва с Керенским Корнилова охватило уныние. Он был убежден, что министр-председатель и Савинков сознательно расставили ему западню. Жена, опасаясь самоубийства, попросила его отдать револьвер>79. 1 сентября в Могилев прибыл Алексеев, уполномоченный принять дела у Корнилова: на его уговоры у Керенского ушло три дня. Корнилов уступил, не сопротивляясь, и только попросил, чтобы правительство установило твердую власть и воздержалось от оскорбительных выпадов против него>80. Вначале его поместили под домашний арест в могилевской гостинице, а затем перевезли в крепость в Быхове, где уже содержались тридцать офицеров, которых Керенский подозревал в участии в заговоре. При этом он неизменно находился под охраной верных ему текинцев. Вскоре после большевистского переворота он бежал из Быхова и пробрался на Дон, где затем вместе с Алексеевым создал Добровольческую армию.
Существовал ли «заговор Корнилова»? Судя по всему, нет. Имеющиеся свидетельства указывают скорее на «заговор Керенского», задуманный с целью дискредитировать генерала как зачинщика воображаемого, но всеми в тот момент ожидаемого контрреволюционного выступления, подавление которого принесло бы министру-председателю невиданную популярность и власть, необходимые, чтобы противостоять растущей угрозе со стороны большевиков. Вряд ли было случайностью, что все необходимые элементы настоящего государственного переворота — списки заговорщиков, графики выступлений, условные сигналы, программы и т.д. — так никогда и не всплыли на поверхность. Такие подозрительные факты, как связь Ставки с офицерами в Петрограде и приказы формирующимся там боевым единицам, во всех случаях легко объясняются в контексте предполагавшегося большевистского путча. Если бы в самом деле существовал офицерский заговор, то какие-то генералы, без сомнения, присоединились бы к Корнилову, когда он наконец призвал к мятежу. Но за ним не последовал никто. Ни Керенский, ни большевики не могли впоследствии указать ни одного человека, который бы сам признался или которого можно было бы с основанием обвинить в том, что он был в сговоре с Корниловым. Но если Корнилов был в одиночестве, можно ли назвать это заговором? Для расследования дела Корнилова в октябре 1917 года была создана комиссия, которая завершила работу в июне 1918-го, то есть уже при власти большевиков. Она пришла к заключению, что обвинения против Корнилова безосновательны: войска на Петроград он посылал не с целью свергнуть Временное правительство, а для защиты его от большевиков. Полностью оправдав Корнилова, комиссия обвинила Керенского в том, что он «сознательно извратил истину в деле Корнилова, не имея мужества взять на себя вину» за совершенную им «грандиозную ошибку»