Команда была выслана в плавание без теплой одежды, что приводило к многочисленным заболеваниям, матросы работали неорганизованно, в результате чего постоянно возникали кризисные ситуации. Капитан дока проявил полную некомпетентность и отсутствие элементарных знаний навигации. Проход в узких местах сопровождался многочисленными авариями и столкновениями со встречными судами, док с грохотом бился о баржи, получая все новые и новые вмятины.
Работники пристаней относились к проводке «спецсудна» равнодушно, не предупреждали встречного движения, не освобождали шлюзы перед прибытием дока, вовремя не предоставляли буксиры. На призывы поторопиться они отвечали: «Успеется, никакой срочности нет».
Кроме того, и конструкция самого дока оказалась крайне неудачной. Для перекладки руля с борта на борт требовалось почти 100 оборотов руля. Второй руль вообще отказал, затруднив и без того непростое управление судном. Для выравнивания хода с обоих бортов были спущены цепи длиной по 70–80 метров. Выступающие за габариты якоря неоднократно цепляли встречные баржи, обдирали стены шлюзов.
Единое руководство доком было невозможно, поскольку с носа до кормы было «не видно и не слышно». Из-за большой инерции док не успевал затормозить в шлюзах и ударял, словно средневековый таран, в ворота. По ночам, из-за отсутствия света, команда перемещалась по палубе только на ощупь, опасаясь свалиться за борт. Отсутствовали окна и элементарные удобства, такие как вода и гальюн. [169 — ГУ ЦАНО, Ф. 15, Оп. 3, Д. 160, Л. 187.] Нужду справляли в ведра, которые потом просто выливали за борт.
10 сентября док наконец прибыл в Ленинград. Но на этом приключения лодки «Семга» не закончились. 18 октября на ней были установлены электромоторы, а 31-го числа — четыре носовых и два кормовых торпедных аппарата. При этом оказалось, что до сдачи на лодке необходимо проделать огромный объем работ. Например, на ней отсутствовало устройство погрузки торпед. На заводе № 112, видимо, этого сознательно «не заметили», чтобы побыстрее отправить лодку на север. Впрочем, лодки производства других заводов имели не лучшее качество. Например, «Линь» Балтийского завода не имел устройства для спуска и подъема якоря.
16 декабря «Семга» все же вышла из Ленинграда в Кронштадт. Но и это небольшое расстояние она преодолеть не смогла. В 17.00 вышел из строя и фактически взорвался правый электромотор. Повреждения оказались настолько серьезными, что ходовые испытания, и без того отложенные, были сорваны, и лодка осталась зимовать в Ленинграде.