К этому времени был назначен ближайший помощник Трубецкого — обер-прокурор Сената И. О. Брылкин. Спустя несколько лет его сменил Н. Г. Жеребцов, а затем — А. И. Глебов.
Никита Юрьевич был довольно требовательным прокурором. Он искренне радел о государственных делах и при необходимости смело опротестовывал решения Сената. От подчиненных ему прокуроров он требовал, чтобы они с «наиприлежнейшим трудом крепкое и неослабное смотрение имели» за всеми делами, решения «чинили по указам» и «безволокитно», а на все нарушения и отступления от закона делали вначале устный, а если не «возымеет действие», то и письменный протест.
Прокуроры коллегий и губерний должны были регулярно представлять генерал-прокурору ведомости о всех решенных и нерешенных делах, а также о лицах, содержащихся под караулом. Особое внимание обращалось им на то, чтобы в тех или иных местах не скапливалось слишком большое количество «колодников». За это прокуроры несли персональную ответственность. Когда, например, оказалось, что в коммерц-коллегии, Сыскном приказе и Московской губернской канцелярии скопилось подозрительно много арестантов, то генерал-прокурор Трубецкой направил троим прокурорам этих учреждений строгое предписание.
В то же время Никита Юрьевич следил и за тем, чтобы не ущемлялись права подчиненных ему прокуроров. В таких случаях он всегда был принципиален.
Генерал-прокурор Н. Ю. Трубецкой вносил в Сенат предложения по самым разнообразным вопросам управления и хозяйства, проявляя себя человеком государственным, болеющим за дело.
Правительствующий Сенат в то время требовал особого надзора. Нередко там не только затягивали разные дела, но и не сохраняли даже государственные и военные тайны, что крайне волновало императрицу Елизавету Петровну. 27 октября 1744 года она направила именной указ Сенаторам, генерал- и обер-прокурорам «О хранении в тайне производящихся в Сенате дел». В нем отмечалось, что многие секреты «выходят наружу и вскоре дошли не токмо до наших подданных, кому ведать не надлежит, но и до чужестранных, при дворе нашем обретающихся министров». Императрица поручила провести тщательное следствие об утечке секретных материалов. В указе отмечалось: «Сенаторам же, всем и каждому, так же генералу и обер-прокурорам объявляем, чтоб впредь с чужестранными министрами… никакого приватного обхождения и партикулярных свиданий и разговоров наедине и на ухо шептанья… никто не чинил, и от того всяк себя воздерживал; о производящихся же в Сенате секретных делах не токмо с чужестранными и своими, кому о том ведать не надлежит, но и со своими домашними и самыми ближними по родству разговоров не иметь, и все секретное, всем и каждому особливо вверенное, по учиненной о том присяге, содержать в секрете».