В начале 1867 года граф Пален сменил Н. И. Стояновского на посту товарища министра юстиции, а в октябре занял пост статс-секретаря его императорского величества и одновременно вступил в управление Министерством юстиции. З1 марта 1868 года император Александр II утвердил его в должности министра юстиции и генерал-прокурора. С этого времени в течение десяти лет он бессменно руководил судебными и прокурорскими органами Российской империи.
Конечно, отношение графа Палена к судебной реформе, к проблемам судоустройства и судопроизводства было совершенно иное, нежели у его предшественника Д. Н. Замятнина. Отсюда проистекало и то «коверканье» уставов, которое при нем началось. Однако нельзя все сводить только к личным качествам министра. Как правильно подметил А. Ф. Кони, чтобы оценить деятельность лиц ушедшей эпохи, надо «установить в себе угол зрения того времени, понять взгляды той эпохи».
Время вступления графа К. И. Палена в управление Министерством юстиции падает на труднейший период русской истории. С большим размахом начавшиеся в стране преобразования после выстрела Д. В. Каракозова и наметившегося крена в сторону реакции стали явно буксовать. Сфера действий Судебных уставов, не успевших распространиться на большей части империи, постепенно сужалась. В таких условиях Министерству юстиции приходилось организовывать работу судебных и прокурорских органов. Первое время министр еще придерживался либерального направления, взятого Д. Н. Замятниным. Но чем глубже он вникал в суть дела, тем все явственнее и откровеннее принимал сторону наиболее реакционных и консервативных сил из окружения императора.
По мнению Г. А. Джаншиева, граф Пален, «чуждый кружку славных деятелей Судебной реформы», призванный к власти для того, чтобы «подчинить деятельность новых судов административно-полицейским целям», старался оправдать возложенные на него надежды. суд общественной совести, несменяемость магистратуры, мировой институт, независимость адвокатуры — все это, отмечает Джаншиев, было взято под подозрение и «держалось в черном теле». «Один только непосредственно подчиненный министру юстиции прокурорский надзор, содержимый в духе спасительной дисциплины, пользовался благоволением нового министра и представлял единственно благонадежные кадры для пополнения судебного персонала.»
И все же главной заботой К. И. Палена оставалось введение уставов на той территории России, где все еще существовали старые судебные порядки. Однако остро вставали многие вопросы: как дальше проводить реформу, что делать со старыми уголовными и гражданскими делами в тех местностях, где уже действуют новые суды и т. п.