Современники отмечали, что Н. А. Манассеин постом министра юстиции дорожил, но не как атрибутом власти, а как знаком высочайшего к нему доверия монарха. Поэтому в делах управления вверенного ему министерства, «имея в помышлении интересы одного лишь государя», был довольно решителен. Свое высокое положение министра и генерал-прокурора он понимал, как положение «старшего между равными». Однако к вопросам соблюдения служебной дисциплины относился строго и требовательно.
Будучи человеком прямым, Манассеин любил, чтобы и ему говорили все начистоту; он легко распознавал малейшее лукавство. К мнению других лиц, юристов-профессионалов, как правило, прислушивался, хотя, с другой стороны, был не лишен самолюбия и не терпел, когда ему подсказывали то, что он сам лучше других знал.
Н. А. Манассеин и в звании министра оставался непримиримым врагом подхалимажа и «прихвостничества», холоден был к заискиванию и проявлениям раболепства. Он не любил, чтобы чиновники судебного ведомства встречали его на станциях во время поездок по России. В сотрудниках он ценил прежде всего ум, энергию, способность к самопожертвованию. С приезжающими в Петербург по делам судьями и прокурорами встречался всегда приветливо, часами беседовал с ними. Доступ просителей к нему был свободен. Однако по служебным делам он не любил ходатайств «сторонних лиц», в особенности посредничества «дам высшего общества».
При Н. А. Манассеине было проведено не столь много политических процессов, всего 37. Наиболее важный из них, покушение на государя, получивший название «Второе 1-е марта», происходил 15–19 апреля 1887 года. Дело слушалось при закрытых дверях. В зал допускались только члены Государственного совета, министры, их товарищи, Сенаторы и другая избранная публика. Все 15 подсудимых были приговорены к смертной казни; в отношении 8 человек о смягчении наказания ходатайствовало даже Особое присутствие. Александр III утвердил смертную казнь для 5 подсудимых: А. И. Ульянова, П. И. Андреюшкина, В. Д. Генералова, В. С. Осипанова и П. Я. Шевырева. Они были казнены 8 мая 1887 года в Шлиссельбургской крепости.
В начале 1890-х годов «служебная прочность» Манассеина несколько поколебалась. Все чаще и откровеннее государь выражал ему свое неблаговоление. В ноябре 1893 года вконец измученный Манассеин писал своему другу: «Изнемог я донельзя и телом и еще более духом; — мои несчастные, давно расшатанные нервы стали совсем никуда не годными. Еще в сентябре я доложил государю, что по совершенному расстройству моего здоровья у меня нет более сил нести лежащих на мне обязанностей, но тогда никакого ответа не получил, а потому теперь решился, какие бы тяжелые последствия ни произошли для меня от этой решимости, — отнюдь не оставаться в министерстве долее наступающего нового года…» И далее: «Я, право, боюсь, что меня от непрерывного ежечасного волнения того и гляди хватит нервный удар… Жизнь наша, конечно, в руке Божьей, но когда на руках больная, без движения, жена да сынишка, которого еще надо поставить на ноги, то непозволительно самому укорачивать свою жизнь и себя убивать…»