В 1884 году Н. А. Манассеин представил императору Александру III Всеподданнейший доклад о результатах ревизии в Прибалтийском крае, который был полностью одобрен, а также массу записок, предназначенных для различных ведомств. Этот труд послужил основанием для осуществления в Прибалтике целого ряда реформ.
В ноябре 1885 года Николай Авксентьевич был назначен министром юстиции и генерал-прокурором. Этот пост он занимал более восьми лет, многое сделав для укрепления судебных и прокурорских органов. Его деятельность пришлась на трудные годы, когда после убийства Александра II и усиления революционной борьбы Судебные уставы стали явно мешать правительству. А. Ф. Кони писал, что судебному ведомству приходилось «переживать на себе взгляды, исполненные недоверия и отчуждения». Поэтому не случайно деятельность Манассеина на посту министра вызывала много нареканий, причем с совершенно противоположных сторон. Одни считали его слишком либеральным, другие же, наоборот, — чересчур консервативным. Однако сам Николай Авксентьевич работал в присущей ему манере — страстно, энергично, и в то же время кропотливо, въедливо. Первостепенной задачей его в первые годы руководства Министерством юстиции стало распространение Судебных уставов на Прибалтийские губернии. В течение двух лет, на основании материалов ревизии, разрабатывалась специальная программа преобразования этого края. В декабре 1887 года соответствующий проект был одобрен Государственным советом, а затем утвержден императором.
При Манассеине частичные судебные преобразования коснулись также Туркестанского края, Степных областей России и Архангельской губернии. Здесь был введен институт мировых судей, с нескольким расширением их компетенции при рассмотрении уголовных и гражданских дел и возложением на них функций судебных следователей.
Продолжался пересмотр и самих Судебных уставов. Значительно сузилась категория дел, подлежащих рассмотрению судом присяжных. Манассеин считал, что присяжные, принадлежащие большей частью к мещанской и крестьянской среде, лучше всего справляются с простейшими делами. Что же касается сложных дел, требовавших углубленного анализа доказательств, проведения многочисленных экспертиз, то в них они испытывали серьезные затруднения. Поэтому он предложил устранить присяжных заседателей от рассмотрения всех дел о сопротивлении властям, о насильственных посягательствах на представителей власти, о преступлениях по службе и т. п. В 1889 году проект Н. А. Манассеина удостоился высочайшего утверждения, с поправкой на то, что изъятые из ведения присяжных заседателей дела подлежат рассмотрению не особыми присутствиями окружных судов, а судебными палатами с участием сословных представителей. Манассеин предложил также ограничить число дел, подлежащих публичному рассмотрению.