Жуан II оставил своему преемнику Мануэлу 1 (1495–1521) не только разведанный путь в «Землю обетованную», но и централизованно управляемое государство.
“Еl Нотbге” (муж, мужчина) — так уважительно называла королева Кастилии Изабелла Жуана II — лишил знатных дворян власти, их феодальных привилегий, конфисковал большинство поместий, а самых знатных вельмож сослал или казнил. Герцог де Браганса был обезглавлен, для герцога де Визеу даже не потребовался палач Жуан собственноручно задушил его. Создается впечатление, что король находил наиболее деятельных и верных приверженцев в среде среднего и низшего дворянства, например среди Магальяйншей. Вполне возможно, что в результате «реставрации», начавшейся при Мануэле, когда многие мелкопоместные дворяне лишились своих должностей и доходных мест, отец Фернана тоже потерял свой пост. Можно также допустить, что в связи с этим были значительно осложнены будуiцие отношения Фернана со своим сюзереном и что это в какой-то степени способствовало его переходу на испанскую службу, но истина, видимо, несколько проще.
Во всяком случае, ‘4ануэл может себе позволить призвать назад бежавших в Испанию аристократов и вернуть им владения. Затем, в 1497 году, он посылает Вашку да Гаму с четырьмя кораблями, оснащенными пушками, и командой из ста семидесяти человек в плавание, чтобы «открыть» Индию. да Гама блестяще справился с этой задачей. Он огибает мыс доброй Надежды и, преодолев на своем пути многие невзгоды, достигает восточноафриканской гавани Малинди. Оттуда в мае 1498 года он добирается с помощью индийского по происхождению лоцмана в Каликут на Малабарском побережье. Когда экспедиция не без приключений, с малым количеством перца и корицы, лишь с третью первоначального экипажа в июле 1499 года вернулась в Лиссабон, то оказалось, что она тем не менее самая удачная из всех экспедиций, предпринятых Португалией до сих пор. Восток теперь навеки связан с Западом. Ощутимо доступными становятся сокровища Азии: китайские шелка и фарфор, корица, кардамон и перец — с Малабарского побережья, гвоздика и мускат с Молуккских островов и островов Банда, жемчуг — с Цейлона, изумруды, дороги хлопчатобумажные ткани и ковры из Индии.
Через полгода по маршруту да Гамы двинулся Педру Алвариш Кабрал. В его распоряжении тринадцать кораблей и тысяча пятьсот наемников, и он знает, когда их следует пустить в ход. Во время этого плавания он откроет и присоединит к Португалии Бразилию, в Индии же будет проводить столь жестокую, сколь и коварную политику — начало блестящей и лицемерной эры португальского колониального владычества. Прошли времена, когда фрахтовали суда и в стране ходили кожаные деньги. Скоро Мануэл прикажет отчеканить знаменитые «португальские золотые» — монеты достоинством десять крузаду из чистого золота весом в тридцать пять граммов. К своим многочисленным титулам король добавит еще один: «Владыка земель, путей и торговли Эфиопии, Аравии, Персии и Индии».