Работая латинским секретарем, Мильтон поддерживал лорда-протектора Кромвеля, которого называл «наш самый главный человек», во всех его дерзких предприятиях, начиная с резкого разгона «Охвостья» парламента до абсолютно неанглийской попытки править Англией с помощью региональных генералов. Теперь у Мильтона не было чересчур много работы в офисе и он мог заниматься собственной писательской работой.
Джон Филлипс писал в 1686 году:
«Слепота Мильтона не мешала ему с помощью секретарей спокойно заниматься наукой. Теперь у него было больше времени, потому что у него появился заместитель в Государственном совете и иногда ему посылали работу домой…
Он начал огромный труд, пытаясь собрать воедино всех древних классических авторов в прозе и в стихах. Кроме того, он желал составить полный латинский словарь (тезаурус) и наконец закончить „Потерянный Рай“ и книгу о богословии, основываясь на текстах из Библии. Он намеревался все это сделать несмотря на обрушившиеся на него беды. Что касается „Истории Британии“, он довел ее до времени покорения Англии норманнами. Далее шли „Возвращенный Рай“, трагедия „Самсон борец“, работа о грамматике, и он начал составлять полный греческий словарь. Он старался работать как можно больше».
Джон Филлипс был журналистом. Незадолго до Реставрации он перешел к роялистам и писал о работе Мильтона «Иконоборец», как о богохульской клевете, хотя раньше постоянно выступал в защиту этого произведения.
Оливер Кромвель умер в 1658 году. Его сын Ричард стал его преемником. Реставрация произошла в 1660 году, и жизнь Мильтона оказалась в опасности. Некоторое время он содержался под стражей, но его не повесили и не отрубили ему голову, как это случилось с Хью Петерсом и другими. Он потерял все капиталы, которые вложил в Фонды правительства. Джонатан Ричардсон вспоминает в 1734 году, что жизнь Мильтону спасло вмешательство сэра Вильяма Дейвенанта, поэта и лауреата, чью жизнь сам Мильтон спас в 1651 году, когда Дейвенант был схвачен по пути в Америку.
Ричардсон пишет:
«Следует отметить, что Мильтон получил прощение от парламента, в чьи руки король отдал рассмотрение этого дела. Парламент поступил так, как считал нужным. Как нам кажется, парламент принял во внимание выражение королевской воли и проявил модную тогда лояльность. Хотя король заявил, что прощение может быть дано тем, кто непосредственно не участвовал в казни его отца, он заявил об этом в речи 27 июля, но нельзя сказать, что указание выполнялось пунктуально. Мильтона спас проявленный к нему интерес, и это подействовало на парламент. Нация его простила, хотя не было известно, как он отблагодарит ее своими будущими произведениями, в особенности „Потерянным Раем“. Самое интересное, что в том же году, когда судьба Мильтона висела на волоске, опять началась его старая борьба с Сальмазием с применением самых бранных слов. Хотя Сальмазий умер за год до этого во время подготовки гневной отповеди. Эта незаконченная работа была напечатана, но Мильтону удалось выстоять перед злобной атакой.