Зачастую чистка проводилась неэффективно и анархически. Уехав от ареста из Минска, полковник Куцнер приехал в Москву, где стал профессором Академии им. Фрунзе! Гетти цитирует показания Григоренко и Гинзбурга, двух противников Сталина: "Если кто-либо чувствовал, что его арест неминуем, то он мог уехать в другой город и, как правило, избежать ареста".(214)
Секретари обкомов старались показать свою бдительность, осуждениями и исключениями большого числа низовых кадров и рядовых членов партии.(215) Спрятавшиеся в партии противники вели дело так, чтобы исключить как можно больше коммунистов из партии. Вот что показал один из таких противников:
"Мы стремились исключить всех, кого только смогли. Мы исключали людей, когда не было оснований для этого. У нас была одна цель - увеличить число озлобленных людей и тем самым увеличить число наших сторонников".(216)
Руководство гигантской, многонациональной страной, все еще пытающейся преодолеть свою отсталость, было крайне трудной задачей. Во многих областях стратегии Сталин делал упор на разработку генерального направления. Затем он давал задачу на выполнение одному из своих помощников. Для руководства проведением чистки он заменил либерала Ягоду, который легкомысленно отнесся к некоторым заговорам, на Ежова, старого большевика из рабочих.
Но через три месяца после начала чистки, проводимой Ежовым, появились сигналы о том, что Сталин не доволен способами проведения операции. В октябре Сталин вмешался для того, чтобы подтвердить доверие руководителям экономики страны. В декабре 1937 года отмечалась двадцатая годовщина НКВД. Некоторое время в прессе раздувался культ НКВД, "авангарда партии и революции". Сталин даже не дождался следующего значительного события. В конце декабря были сняты с постов три заместителя наркома НКВД.(217)
В январе 1938 года Центральный Комитет принял резолюцию о ходе чистки. В ней подтверждалась необходимость проявлять бдительность и проведения репрессий против врагов и шпионов. Но больше всего критики было уделено "фальшивой бдительности" некоторых партийных секретарей, которые нападали на массы, чтобы защитить себя. Это начиналось следующими словами:
"Пленум Центрального Комитета ВКП(б) считает необходимым обратить внимание партийных организаций и их руководителей на тот факт, что пока они направляют главные усилия на чистку своих рядов от троцкистско-правых агентов фашизма, ими совершаются и серьезные ошибки и искажения, которые мешают делу очищения партии от двурушников, шпионов и вредителей. Несмотря на неоднократные директивы и предупреждения Центрального Комитета ВКП(б), во многих случаях партийные организации допускают совершенно неправильный подход и исключают коммунистов из партии в преступно легкомысленной манере".(218)