Начиная с марта 1918 года, Троцкий был Народным Комиссаром по военным делам. Его задачей была организация новой армии из рабочих и крестьян, возглавляемых сорока тысячами офицеров старой царской армии.(35)
В июне 1918 года Северный Кавказ был единственным значительным зерносеющим районом, остававшимся в руках большевиков. Ему угрожала армия Краснова. Сталин был послан в Царицын, будущий Сталинград, для обеспечения поставок зерна. Там он нашел полный хаос. 19 июля он писал Ленину, запрашивая наивысшие полномочия в регионе для решения поставленной задачи: "Я прошу без всяких формальностей убрать отсюда тех армейских командиров и комиссаров, которые развалили дело". Сталин был назначен председателем Военного Совета Южного фронта. Позже Сталин будет противостоять старому царскому генералу Сытину, назначенному Троцким Командующим Южным фронтом, и Главнокомандующему, полковнику царской армии Вацетису. Царицын был успешно защищен.(36)
"Ленин приветствовал меры, разработанные Сталиным, как образцовые".(37)
В октябре 1918 года Сталин был назначен Членом Военного Совета Украинского фронта с задачей свержения режима Скоропадского, установленного Германией.
В декабре, когда на Урале положение драматически ухудшилось из-за выступления войск Колчака, Сталин был послан туда с неограниченными полномочиями чтобы положить конец катастрофическому положению Третьей армии и изгнать некомпетентных комиссаров. В своем расследовании Сталин критиковал политику Троцкого и Вацетиса. На Восьмом Съезде в марте 1919 года многие делегаты осудили действия Троцкого "за его диктаторские манеры... за его преклонение перед специалистами (царской армии) и его бесчисленные необдуманные телеграммы".(38)
В мае 1919 года Сталин вновь был послан с неограниченными полномочиями на организацию обороны Петрограда от армий Юденича. 4 июня Сталин послал телеграмму Ленину с заявлением о том, что по данным из захваченных документов многие ведущие офицеры Красной Армии тайно работают на белых.(39)
На Восточном фронте разгорелся жестокий конфликт между его командиром С.С.Каменевым и Главнокомандующим Вацетисом. В конце-концов Центральный комитет решил дело в пользу первого, и представление Троцкого об его отставке было отклонено. Вацетис был арестован.(40)
В августе 1919 года белые армии Деникина продвигались на Москву с Дона, Украины и южной России. С октября 1919 года по март 1920 Сталин был в руководстве Южного фронта, разгромившего Деникина.(41)
В мае 1920 года Сталин был послан на Юго-Западный фронт, где поляки угрожали Львову на западе Украины и войска Врангеля из Крыма, с юга. Контратака Тухачевского на Западном фронте выбила поляков к границам Варшавы. Ленин надеялся на победу в войне с реакционной Польшей, было создано временное Польское Советское правительство. Сталин возражал против этого акта: "Классовый конфликт в Польше не достиг остроты, способной преодолеть чувство национального единства".(42) Плохо скоординированные, получавшие противоречивые приказы войска Тухачевского были контратакованы поляками с незащищенного фланга и обращены в бегство.