Во время Второй мировой войны Hughes Aircraft получила выгодные государственные заказы на строительство военных самолетов-разведчиков. Во время испытаний такого самолета Хьюз разбился, причем причиной аварии было его собственное упрямство. Инженер Джин Блэндфорд, работавший с Хьюзом, рассказывал, что Хьюз обычно приходил на летное поле, спрашивал его: «Ну, чем мы сегодня займемся?», внимательно выслушивал все инструкции, после чего, оказавшись в самолете, делал то, что никакими инструкциями предусмотрено не было, а на все вопросы отвечал: «Мне не захотелось делать так, как мы договорились». Когда уже после войны, в июле 1946 года, он впервые испытывал новый самолет-разведчик XF-11, полет должен был продолжаться 45 минут с 600 галлонами топлива на борту. Вместо этого Хьюз взял на борт 1200 галлонов и летал больше часа. Во время полета сломался пропеллер, но Хьюз не хотел признавать, что положение серьезное, и в результате ситуация вышла из-под контроля: самолет врезался в дома Беверли-Хиллз и загорелся. Хьюз выбрался из кабины на крыло и с него упал на землю. За 35 дней, проведенные в больнице, он стал наркоманом – доктора давали ему морфий, чтобы облегчить нестерпимые и, как они думали, предсмертные боли. Позже морфий заменили кодеином, без которого Хьюз уже не мог обходиться последующие 30 лет. Но храбрости ему было не занимать: на построенном им же XF-11 он сам выполнил все испытательные полеты, необходимые для получения заказа. Однажды профессиональный летчик-испытатель спросил его, почему он не наймет кого-нибудь для испытаний, и Хьюз возмутился: «Почему кто-то другой должен получать удовольствие, а я еще ему буду за это платить?»
И наконец, самый знаменитый проект Хьюза в области авиастроения. Знакомый кораблестроитель помог Хьюзу получить контракт на $18 млн на строительство трех гигантских «летающих лодок». На выполнение заказа отводилось три месяца; самолеты должны были перевозить через океан войска, не подвергая их риску атаки немецких подводных лодок. В результате Хьюзу удалось построить только один летающий корабль Н-4 «Геркулес» (иначе Spruce Goose, или «Еловая гусыня»), но… после окончания войны. «Я по натуре перфекционист, и мне трудно смириться с тем, что что-то не будет доведено до совершенства», – признавал Хьюз. В условиях военного времени металл был труднодоступен, и свою «Гусыню» Хьюз сделал почти полностью из дерева (правда, не из ели, а из березы). Размах крыльев составил почти 100 метров (больше футбольного поля), а вес – £400 тыс.; этот самолет был и остается самым большим в истории авиации. Хьюз собственноручно поднял в воздух «Еловую гусыню» 2 февраля 1947 года, всего на несколько минут, но зато при большом стечении восторженных зрителей. После войны это чудо техники было уже никому не нужно; вплоть до смерти Хьюза его поддерживали в рабочем состоянии, а когда его не стало, отправили в музей.