Бог возвышает тех, которые себя унижают. И он даровал преп. Сисою дар чудес. Но так как все, что привлекало к нему уважение людей, тревожило его смирение, он не выносил ничего, что распространяла о нем слава; и можно было добиться от него чуда лишь тогда, когда прибегали к какой-либо уловке.
Так поступил один человек, направлявшийся к нему за благословением со своим очень еще молодым сыном. Мальчик умер в дороге. Но отец, не печалясь и глубоко веря в молитвы преп. Сисоя, отнес умершего к святому. Войдя в его келью, он положил мальчика у его ног, как будто тот не умирал, чтобы он благословил их обоих. После того, как святой совершил над ними молитвы, отец встал и вышел из кельи, оставляя труп сына с преподобным. Отшельник, видя, что тот не двигается сказал ему, чтобы он встал и шел за отцом. Мертвец ожил и исполнил это приказание. Тогда счастливый отец, в восторге ворвавшись к преподобному, объявил ему, что он сотворил, и прославлял за воскрешение своего сына. Но Сисой, ужасно боявшийся, чтобы кто не узнал о его чудесах, чрезвычайно был этим опечален и велел передать этому человеку через своего ученика, чтобы он всячески остерегался говорить об этом до его смерти. Преподобный Сисой избавил также этого самого ученика от жестокого покушения, молясь Христу Спасителю в простоте своего горячего сердца: «Господи, я не отойду от Тебя, пока Ты не избавишь его от одержащего его искушения».
Нельзя удивляться тому, что его молитва была так действенна, потому что он влагал в нее необыкновенный жар, потому что его моления были так возвышенны, что доходили до экстаза. Иногда его сердце так всецело было охвачено огнем любви Божественной, что, едва вынося его силу, он облегчал себя частыми вздохами, не видя этого и даже против своей воли.
Доверие, которое отшельники имели к нему, заставляло его заботиться о них, и он с чрезвычайным вниманием вооружал их против новшеств ересей. Несколько ариан осмеливались прийти к его горе, чтобы распространить между братией свое учение. Он им ничего не стал возражать, но приказал своему ученику прочесть в их присутствии трактат, составленный святителем Афанасием против их заблуждения. Это чтение выяснило всю лживость их догматов и затворило им уста. Обличив их таким образом, он отпустил их со своей обычной кротостью. Его ученик Авраам, видя, насколько он удручен годами и немощами, сказал ему, что ему было бы хорошо перейти поближе к обитаемым странам, где бы ему могли легче помочь. На это он ответил: «Если вы это находите нужным, отведите меня в такое место, где бы не было женщин». «Но, — отвечал ученик, — они всюду, кроме пустыни». «Если это так, — ответил он, — отведите меня в пустыню».