Поисковые работы продолжались до 26 ноября, участие в них приняли тральщики и спасательный буксир «Память Руслана» Северной ЭПРОН. Во время этих поисков были также найдены: еще масляные пятна,[79] половина спасательного круга, индивидуальный пакет первой помощи с русским текстом, обломанный сосновый брус с буквой «П», покрытый антикислотной краской с вкраплением четырех свинцовых осколков, клин из обрешетки IV аккумуляторной группы подводной лодки. Были найдены и другие предметы, признанные специальной комиссией способными принадлежать подводной лодке типа «Д».
18 ноября в два часа ночи в южной части полигона № 6, в точке 69 градусов 29,1 северной широты 32 градуса 54,7 восточной долготы (меньше двух миль от острова Большой Арский), поисковым тральщиком был сначала оборван придонный трос, а затем его металлоискатель трижды показал на грунте наличие большого количества металла Второй точкой, где на грунте в этот же день был обнаружен большой металлический объект, стала точка над мысом Выев-Наволок, на расстоянии двух миль от береговой черты.
По результатам поисковых работ 18 ноября Военный совет Северного флота направил наркому ВМФ, адмиралу Николаю Кузнецову доклад «О гибели подводной лодки Д-1 13 ноября 1940 года». Вот основные версии гибели корабля и экипажа
1. Подрыв подводной лодки на дрейфующей мине.
Из-за того, что эсминцы в соседнем полигоне не слышали подводных взрывов, в том числе — и с помощью шумопеленгаторной станции, а также вместе с береговыми постами СНиС на мысе Шарапов и на мысе Выев-Наволок не наблюдали взрывов на поверхности залива, эта версия была сразу же признана маловероятной.
2. Случайное столкновение с каким-либо надводным кораблем или неизвестной подводной лодкой. При этом столкновение с надводным кораблем исключалось, так как оба эсминца еще до прихода подводной лодки покинули полигон № б и перешли в соседний полигон. Торговые суда в тот день в Мотовский залив не заходили. Не исключалось лишь присутствие иностранной подводной лодки, которая под водой могла столкнуться с Д-1.
3. Провал подводной лодки на глубину, большую предельной глубины,[80] по вине личного состава. Но эту версию контр-адмирал Арсений Головко твердо исключал.
Позже была выдвинута еще одна, четвертая версия — взрыв внутри подводной лодки по не установленной причине. Основанием такому предположению могли послужить:
— известный командованию случай падения двух артиллерийских снарядов со стеллажей артпогреба Д-1, который произошел в январе 1940 года из-за плохого крепления артбоезапаса;