В день начала Великой Отечественной войны «Калев» и «Лембит» находились в Либаве. По распоряжению командира Либавской военно-морской базы обе лодки 23 июня перешли в Виндаву. В ноль часов 25 июля «Калев» и «Лембит» в сопровождении БТЩ «Фугас» и двух катеров «МО» вышли из Виндавы вместе с подводной лодкой С-7 и в тот же день прибыли в Усть-Двинск. Через несколько дней «Калев» и «Лембит» перебазировались в Кронштадт.
Первое боевое задание командир «Калева» Б. А. Ныров получил 7 августа. Ему поручалось выставить минное заграждение на фарватерах, ведущих к Виндаве и Либаве, а затем нести службу в районе между параллелями от маяков Овизи и Ужава и топить суда противника на правах неограниченной подводной войны на море.
Рано утром 8 августа «Калев» вышел из Таллина с эскортом из пяти тральщиков и двух «морских охотников». Такое обеспечение выхода лодки в море вполне себя оправдало. На переходе в тралах взорвались три мины, а две мины, подсеченные тралом, всплыли. Их тотчас же расстреляли. Тральщики вывели «Калев» до меридиана маяка Ристна на острове Даго (Хийумаа).
Придя в район позиции, командир несколько дней выявлял фарватеры, по которым двигались суда противника. Крупные корабли не появлялись. Наблюдалось движение тральщиков, катеров и небольших судов. Они выходили из Виндавы и Либавы по фарватерам и, дойдя до глубин 15–18 метров, поворачивали и шли вдоль берега в северном или южном направлениях. Очевидно, тральщики проверяли пути для крупных судов.
Около полуночи 12 августа «Калев», следуя по 17-метровым глубинам, выставил минное заграждение из десяти мин с углублением от поверхности воды три метра. Транспортов противника не было видно. Наконец 18 августа появились два транспорта. Они шли с юга под охраной двух тральщиков и торпедного катера. Тотчас была объявлена боевая тревога и началась [284] атака. Когда лодка легла на боевой курс, расстояние до головного транспорта, выбранного командиром для атаки, было 24 кабельтова. При очередном подъеме перископа Ныров увидел торпедный катер, мчавшийся прямо на перископ. Пришлось срочно опустить перископ и увеличить глубину погружения. Катер прошел над лодкой.
Маневрировать на глубинах в 16–18 метров очень сложно. Снова подвсплыли и подняли перископ. Транспорты уже подходили к повороту на Виндавский створ, Ныров увеличил ход до полного и скомандовал: «Курс — тридцать один градус», считая, что можно будет произвести залп, когда транспорт повернет в гавань. Однако эта мера не помогла. Транспорт повернул прежде чем лодка легла на нужный курс. Минуты уклонения от торпедного катера и малые глубины помешали успешному выполнению атаки. По-видимому, сыграла свою роль и недостаточная обученность личного состава лодки. Но минное заграждение сделало свое дело. Как стал впоследствии известно, на минах «Калева» подорвались и затонули плавбаза «Мозель» и транспорт «Франценбург». Кроме того, на мине подорвался и выбросился на отмель транспорт «Эспирайт».