Тем не менее с первых дней существования христианской миссии возникали трения, порождавшие неприкрытую вражду. В своем первом письме из Кагосимы Франсис Хавьер уже предсказывает возможность преследования со стороны бонз. Когда он с апостольской прямотой упрекнул монахов храма Сёфукудзи в Хиката в «омерзительном пороке», это было принято в штыки. В Киото монахи храма Дайтокудзи, порой переодевшись в светское платье, приходили к миссионерам, чтобы узнать об их вере и образе жизни. В один из таких визитов они задали вопросы, которые, по мнению Фроиса, «свидетельствовали о дьявольской злобе, побуждающей их».
Со временем взаимная вражда усилилась, и особо фанатичные приверженцы обеих сторон стали поджигать церкви и буддийские храмы. Период дружбы подошел к концу. Тем не менее в отдельных случаях добрые отношения между миссионерами и буддийскими адептами продолжали существовать.
Доктринальные расхождения
Франциск Хавьер считал японцев «лучшей из когда-либо существовавших наций» и особо ценил этот народ за его умственные способности. Он пишет, что они отличались «очень острым умом и здравомыслием». Хавьер был очень высокого мнения о японских университетах. Даже такой человек, как отец Космэ де Торрес, который был «талантлив и многоумен», по его мнению, выглядел бледно во время дискуссий, имевших место в главных японских университетах. По этой причине он обратился к Игнатию Лойоле с просьбой прислать «опытных людей», отбором которых он лично занимался по их прибытии в Японию.
Ответственным за работу, которую он начал в Ямагу-чи, Хавьер оставил отца де Торреса. Последний также не переставал восхищаться здравомыслием японцев: «Если кто-то сможет внятно объяснить им, что лишь Тот, Кто создал их души, способен спасти их и что их души, имея начало, не имеют конца, — и если проповедник выбирает для объяснения ясные и убедительные слова, — то в тот же момент ‹…› они забудут о своих богах… и станут христианами». Его собственную непоколебимую уверенность в силе убеждения превосходили лишь терпение и религиозное рвение по обращению язычников в христианство. Денно и нощно он принимал гостей, страждущих знания, и вел с ними продолжительные дискуссии на религиозные темы: «С тех пор как отец-настоятель Франциск прибыл в этот город — а с того времени уже прошло более пяти месяцев, — не прошло и дня без того, чтобы с утра до вечера мы не отвечали на множество вопросов, которые нам задавали как священники, так и миряне ‹…›». Подробные отчеты об этих дискуссиях в Ямагучи дают представление о происходившем в то время активном интеллектуальном обмене.